После падения Наполеона в 1814 г. он перешел на сторону Бурбонов, но был принят ими довольно прохладно. Пожаловав ради приличия Брюну орден Св. Людовика, король Людовик XVIII, тем не менее, в приеме на службу ему отказал.
Когда в 1815 г. Наполеон возвратился с о-ва Эльба, Брюн примкнул к нему. Император принял его на службу, назначив 16 апреля командующим 8-м военным округом (Марсель) и военным губернатором Прованса. С началом кампании 1815 г. (17 апреля) Брюн вступил в командование IX-м Варским Наблюдательным корпусом (Обсервационный корпус на реке Вар), прикрывавшим границу с Италией. Активных боевых действий в ходе этой кампании возглавляемый Брюном корпус не вел, и маршал ничем особенным как военачальник себя не проявил. Но во время этого кратковременного правления Наполеона он преследовал роялистов с той же энергией и беспощадностью, как и в те времена, когда был ярым якобинцем. За что был 2 июня пожаловал в графы империи и пэра Франции.
После Второго отречения Наполеона объявил себя сторонником короля, но долго медлил со сдачей Тулона, где, как и в Марселе, поддерживал строгий порядок и жестко пресекал любые попытки противников Наполеона дестабилизировать обстановку. Это возбудило против него ненависть пророялистски настроенных слоев общества.
В конце июля 1815 г., сложив командование войсками, Брюн отправился из Тулона в Париж. 2 августа он прибыл в Авиньон, который уже полмесяца находился во власти бесчинствующей черни, симпатии которой находились явно на стороне роялистов. Узнав о прибытии в город маршала, возбужденная толпа собралась у постоялого двора, где он остановился отдохнуть. Ее возбуждение еще более усилилось, когда разнесся пущенный роялистами слух о причастности Брюна к «Сентябрьской резне» (Massacres de septembre) 1792 г., в частности, в убийстве принцессы Мари-Терезы-Луизы де Ламбаль (это была провокация, т. к. на самом деле Брюна в Париже тогда не было). Но на этот раз маршала все же не тронули, и он смог поехать дальше. Однако, как только его карета миновала городскую заставу, следовавшая за ней толпа заставила кучера повернуть обратно в город. Когда Брюн с 2 адъютантами покинул карету и вошел на постоялый двор «Пале-Рояль», его ворота были сразу же закрыты. Но толпа продолжала прибывать, она требовала расправы над маршалом. Войск в городе не было, но префект и мэр с опасностью для собственной жизни в течение почти 5 часов тщетно старались спасти Брюна, уговаривая толпу разойтись. Наконец, ближе к ночи наступила развязка. Разъяренная толпа, подстрекаемая роялистами, выломала ворота, несколько человек ворвались в комнату, где находился маршал, и расстреляли его в упор.
Трижды орденоносцу ор. Почетного Легиона (Кавалер – 2 октября 1803 г., Высший Офицер – 14 июня 1804 г., Большой Орёл – 2 февраля 1805 г.) было 52 года и почти четверть века из них он отдал служению Отечеству и армии, пройдя путь до генерала всего лишь за 4 года,