Стремясь спасти столицу от разрушений, Понятовский вступил с австрийским командованием в переговоры о сдаче Варшавы. Соглашение было заключено. Но когда австрийцы попытались нарушить его и захватить мосты через Вислу до истечения срока перемирия, то Понятовский решительно пресек их намерение, пригрозив, что в противном случае его войска будут сражаться на улицах города.
После капитуляции Варшавы польская армия отступила на юго-восток от столицы. Заняв район Люблин, Замостье, Сандомир, она создала серьезную угрозу тылам находившейся в Варшаве австрийской армии. Одновременно Понятовский угрожал вторжением в Галицию (тогда ее территория входила в состав Австрийской империи). Между тем на главном театре войны разыгрались события, изменившая весь ход дел: Наполеон уже вступил в Вену. Узнав об этом, эрцгерцог Фердинанд спешно эвакуировал Варшаву, Торн и другие занятые им города и быстро отступил в Моравию. Тем временем Понятовский стал формировать новую 30-тысячную армию.
Оказалось, что князь Юзеф не только военачальник, но и способный политик. Он двинулся с армией на юго-восток, в австрийскую Галицию. Проживающее здесь польское население восторженно встречало свои войска. Весь край поднялся против австрийского владычества. Под его руководством польские войска добились успеха над противником при Грохове, Радзимине и Горе, после чего он победителем вступил в Люблин, Сандомир, Замостье, Львов, и 15 июля 1809 г. – вступил в древнюю столицу Польши, Краков. Поход этот был для Понятовского настоящим триумфальным шествием: население встречало польское войско, восторженно приветствуя князя Иосифа, как национального героя.
Боевые действия завершились летом 1809 г. По условиям Шенбруннского мира (14 октября 1809 г.) потерпевшая поражение в войне Австрия вынуждена была уступить Польше Краков и часть Галиции.
В ходе короткой кампании 1809 г. польская армия проявила высокие боевые качества, а ее главнокомандующий князь Понятовский показал