Детство Софьи Александровны прошло в прекрасном особняке в стиле неоклассицизма с элементами модерна, построенном ее прадедом купцом Александром Алексеевичем Лепетовым. В 1903 году на средства ее родителей по проекту Ф. О. Шехтеля в византийском стиле была выстроена Спасская церковь, поражавшая современников изысканностью интерьеров: в главном храме и приделах были установлены двухъярусные иконостасы из белого мрамора с иконами, выполненными палехскими художниками. Стены и своды расписывали ученики московского Строгановского училища. В 1937 году храм был уничтожен.
Софья Александровна училась в Иваново-Вознесенской женской гимназии. Одной из постоянных жертвовательниц на гимназию была ее мать. В 1917 году она окончила восемь классов. Переехала в Москву, где была зачислена в слушательницы Московских высших женских курсов на историко-филологический факультет по специальности «Русская история», в 1919 году была переведена по той же специальности на факультет общественных наук в Московский государственный университет. С 1919 по 1922 год работала научной сотрудницей в Главмузее. В 1921 году поступила в Коммунистический университет им. Я. М. Свердлова, где до 1925 года состояла руководительницей культурно-исторических экскурсий. В эти годы она была участницей первого семинара историка и москвоведа Н. А. Гейнике, разработала экскурсию «Москва-посад» культурно-исторического цикла. На 1922 год приходится первая встреча Софьи Александровны с Анциферовым: «Работали мы в тесном контакте с московской группой экскурсионистов – членами Института внешкольной работы. Мы устроили (преимущественно силами москвичей, в особенности А. Я. Закса) экскурсионную экспедицию в Северный край – в Вологду, Галич и по монастырям русской Фиваиды.