Членом Французского астрономического общества по рекомендации Камиля Фламмариона Н. М. Субботина стала также в 1899 г.186 и сотрудничала с ним гораздо теснее, чем с бельгийским. Начиная с 1900 г. ее имя регулярно появлялось на страницах журнала, издававшегося обществом. Так, ее имя присутствует среди записавшихся для наблюдения полного солнечного затмения 28 мая 1900 г.187, которое наблюдалось в средних и субтропических широтах северного полушария, правда, сведений о том, что это наблюдение состоялось, нам обнаружить не удалось. Она рекомендовала своего двоюродного племянника, Николая Любимовича Соколова188, инженера-механика Сормовского завода, в члены общества189.
Регулярные корреспонденции позволяют восстановить картину научной деятельности Нины Михайловны в этот начальный период ее творчества. Так, в разделе, посвященном анализу солнечных пятен за 1899 г., упомянуто, что Н. М. Субботина была одним из наблюдателей, на основании данных которых строился аналитический отчет190. Несмотря на то что наиболее полный отчет о наблюдении солнечных пятен за этот период предоставил обществу месье Дюмениль (Duménil) – 263 дня, выпавшие дни удалось восстановить благодаря сведениям Субботиной и месье Мойе (Moye), что позволило получить информацию в общей сложности о 310 днях 1899 г.191 Таблица наблюдавшихся в 1900 г. солнечных пятен и диаграмма солнечной активности, составленные на основании наблюдений Субботиной, месье Дюмениля и Мойе, опубликованы в журнале общества192. В комментариях к таблице указано, что Субботина добавила к результатам своих наблюдений много рисунков расположения солнечных пятен, различных диаграмм, а также сравнение колебаний солнечной активности с барометрическим давлением. Автор отчета – А. Шмоль (A. Schmoll) – отметил, что эти документы будут храниться в архивах общества193. Таким образом, мы знаем, что уже в 1899 г. Нина Михайловна проводила систематические наблюдения солнечной активности. Как и в случае с профессором Вольфером, наблюдения проводились по единой, разработанной для всех участников программы методике таким образом, чтобы они могли использоваться при составлении сводных отчетов о состоянии солнечной активности, – условие, очевидно, выполненное Субботиной, несмотря на ее юный возраст и отсутствие профессионального обучения. Сообщение об этом отчете A. Schmoll попало в немецкий журнал астрономической библиографии «Астрономический отчет»