Эта новая интеллектуальная свобода имела особое значение для преподавателей гуманитарных и общественных наук, поскольку естественные науки подвергались более слабому идеологическому контролю в Советском Союзе. Изменения этого периода также позволили до некоторой степени расширить участие преподавателей в управлении университетом, главным образом в выборах заведующих кафедрами, деканов факультетов и ректоров, а также в решениях, касающихся приема на работу и повышения в должности[17].
В начале 1990-х гг. были введены конкурсы на должности преподавателей вузов. Формально замещение должности преподавателя сроком на пять лет осуществлялось через открытый конкурс, на основании которого кафедры давали рекомендации избранному ученому совету вуза. На практике конкурсы в этот период были формальностью, и преподаватели могли рассчитывать на сохранение своей должности. Кафедры также имели решающее слово при продвижении коллег по службе.
Оборотной стороной этой вновь обретенной свободы и возможности участвовать в управлении было резкое снижение заработной платы преподавателей. Средняя зарплата преподавателя университета в 2000 г. была всего 1226 рублей (около $4 °CША)[18]. Кроме того, выплата зарплаты в 1990-е годы часто задерживалась, иногда на нескольких недель и даже месяцев – это при гиперинфляции и отсутствии индексации. Преподаватель московского вуза вспоминает, что «оклад был таким оскорбительно низким, что едва хватало на транспорт до университета и обратно». Многие из тех, у кого имелись лучшие возможности, уходили из университета.
Те, кто оставались, выживали разными способами, например, жили на доход супруга или супруги или сдавали свою квартиру, а сами жили на даче. Но главным средством выживания были дополнительные занятия, проводимые иногда в своем вузе, но чаще всего по совместительству в других университетах. Такое стало возможным потому, что многие преподаватели вообще ушли из профессии, в то время как количество поступивших в вузы стало стремительно расти с середины 1990-х и увеличилось почти в три раза к 2008 году (чему способствовало введение платного обучения в государственных университетах и расширение частных университетов)