По итогам проверки Реввоенсовет Республики предложил Революционному Совету Балтийского флота обеспечить соответствие организации флота принципам, на основе которых строилась регулярная РККА. По аналогии с Красной армией отныне вся власть на кораблях, в частях и соединениях Балтфлота должна принадлежать командиру и комиссару, а не главенствующим с 1917 года судовым комитетам. Теперь же никакой судком не был вправе затруднять работу командиров и комиссаров и «вносить многовластие в управление». Реввоенсовету флота предлагалось в недельный срок назначить комиссаров на все корабли и части (до этого комиссары были лишь на действующих кораблях), отменить практику выборов комиссарского состава, упразднить все судовые комитеты, ликвидировать бюро найма и учета моряков с передачей его функций штабу флота, произвести точный учет всего личного состава. Надо ли говорить. Что отказ от главного революционного заввоевания матросов – от судкомов, был воспринят большинством «братвы», как измена большевиков делу революции и возвращение к старым царским порядкам. На этой почве началось противостояние основной матросской массы с членами судовых большевистских организаций, которые, в силу партийной дисциплины, должны были всемерно поддерживать комиссаров и командиров.
А наступление на матросскую демократию продолжалось. Приказом по РККФ от 5 февраля 1919 года был образован Политотдел Балтийского флота. Из приказа: ««В целях руководства всей политической жизнью Балтийского флота, постоянного над ней контроля, усиления и укрепления революционной дисциплины и боевых качеств личного состава флота, а также для централизации, объединения и повышения уровня агитационно-просветительской работы на флоте при Революционном совете Балтийского флота учреждается Политический отдел Балтийского флота…» В Положении о политотделе указывалось, что он направляет всю политическую жизнь флота, содействует укреплению рядов партии и организации во всех частях ячеек РКП (б), поддерживает постоянные связи с местными и вышестоящими партийными органами, возглавляет агитационно-пропагандистскую и культурно-просветительную работу. 22 февраля 1919 года было создано политическое отделение Кронштадтской военно-морской базы, возглавившее руководство партийно-политической работой и крепости и на базировавшихся в Кронштадте кораблях. Теперь о демократических временах, когда флотом управлял никому не подчиненный знаменитый Центробалт, (избранный самими матросами и поэтому отчетный только им) можно было только вспоминать…
Деятельность нововведенных политорганов была направлена на повышение боеспособности кораблей и частей, укрепление дисциплины, идейно-политическое