Спустя одиннадцать месяцев французский софиолог был вынужден покинуть ряды ордена, поскольку Игнатий Лойола (1491-1556) резко осудил его пристрастие к восточной литературе и реформаторским проектам (к тому же, Постель не прекращал поддерживать отношения с крупнейшими мыслителями своего времени – протестантским богословом Ф. Меланхтоном и голландским картографом А. Ортелием). После чего Постеля, уличенного в ереси и объявленного сумасшедшим, заключили в узилище Святой Инквизиции. Справедливости ради стоит отметить, что некоторые современные психиатры склонны видеть в Постеле одержимого паранойей и мегаломанией. Но ведь в знании, смешанном с безумием, обвиняли также и Теофраста Парацельса, и Корнелия Агриппу Неттесгеймского! По прошествии четырех лет в 1559 году в Риме вспыхнуло восстание, тюрьмы были открыты, и Постель бежал. Поскитавшись еще какое-то время по Европе, он осел в Париже, где вновь занял место профессора восточных языков в Сорбонне и с университетской кафедры стал опять проповедовать свое мистическое мировоззрение. Говорят, ни одна университетская аудитория не могла вместить всех желающих послушать его лекции. Кто-то донес на Постеля, и ему пришлось покаяться в отдельных из своих взглядов: Постель отстаивал свои идеи с величайшим достоинством, согласившись внести определенные поправки лишь в вопрос о венецианской девственнице Иоанне. Текст отречения, составленный для Екатерины Медичи, так и не был опубликован. Он хранится в рукописном виде в Парижской национальной библиотеке. В последний период своей жизни, начавшийся в 1562 году, Гильом Постель обрел пристанище в монастыре Сен-Мартен-де-Шамп (ныне Национальная школа искусств и ремесел в Париже), где по-прежнему занимался своими изысканиями, принимал друзей, учеников и высокопоставленных покровителей. Он умер 6 сентября 1581 года.
Характерно, что все значительные исторические, языковедческие и философские произведения Постеля, в том числе и «Clavis absconditorum», выстроены вокруг его основного сочинения «De orbis terrae concordia» («О согласии мироздания», 1543 год), в котором он предлагает осуществить свой грандиозный утопический проект по объединению народов и религий в одно государство и в одну веру (правда, в этой единой вере он видел реформированное и лишенное сугубого папского авторитаризма римо-католичество). Можно сказать, что Постель был одним из первых глобалистов и экуменистов, предвосхитившим соборный римский католицизм задолго до его возникновения. Окажись Постель в Ватикане во второй половине XX столетия, он стал бы никак не еретиком и безумцем, а видным католическим богословом-модернистом. Ибо часто получается, когда что-то считавшееся абсурдом в прошлом вдруг превращается в настоящем в «реальную истину», пусть таковой она на самом деле не является. Разве сто пятьдесят или двести лет тому назад кто-либо из ученых мог всерьез воспринять гипотезы Постеля о происхождении франков и галлов из Малой Азии и Палестины от фракийцев и одного из колен Израилевых (см. Постель. «Памятная история о послепотопных странствиях, совершенных Галлами или Французами
