К началу 1940 г. на территории СССР уже более 20 лет осуществлялись гонения на Церковь, оказавшиеся как по своей жестокости, так и по своей масштабности поистине беспрецедентными в мировой истории христианства. Результатом этих гонений стало практически полное уничтожение крупнейшей Поместной Церкви православного мира.
В 1941 г. на территории СССР в границах до сентября 1939 г. из насчитывавшихся в 1914 г. 67 тыс. 108 церквей и часовен действующими оставались около 350, из насчитывавшихся в 1914 г. 64 правящих архиереев и 66 тыс. 140 человек приходского духовенства осуществляли свое служение 4 архиерея и не более 500 священнослужителей, около тысячи монастырей были закрыты, и монастырская жизнь была полностью ликвидирована. Насчитывавшая в 1914 г. 4 духовные академии, 57 семинарий, 185 духовных училищ система духовного образования также подверглась полному уничтожению.
По данным Комиссии по реабилитации жертв политических репрессий при Президенте РФ, только за период 1937–1941 гг. было репрессировано 175 тыс. 800 представителей православного духовенства, из которых расстреляно – 110 тыс. 700. Следует отметить, что наряду с православными священнослужителями, монахами и монахинями эти цифры включают в себя псаломщиков, послушников и послушниц, церковных старост, многих членов семей духовенства, а также представителей немногочисленного обновленческого духовенства и тем самым дают основание утверждать, что политика церковного геноцида обрушивалась не только на духовенство, но и на мирян. Согласно планам сталинского руководства, к концу 1942 г. в стране должны были исчезнуть любые формы организованной религиозной жизни.
Поэтому вполне закономерно, что в трагическом контексте происходивших гонений на Церковь нападение нацистской Германии на СССР 22 июня 1941 г. не могло быть воспринято однозначно представителями русской церковной иерархии.
Так, уже неоднократно ощущавший на своем личном опыте антихристианскую политику нацистских властей в Германии, но одновременно мучительно переживавший гораздо более трагическую судьбу Церкви в России архимандрит Иоанн (Шаховской) в первые дни войны Германии с СССР выразительно отозвался на происшедшие события: «Кровь, начавшая проливаться на русских полях с 22 июня 1941 г., есть кровь, льющаяся вместо крови многих и многих тысяч русских людей, которые будут скоро выпущены из всех тюрем, застенков и концлагерей Советской России. Одно это уже исполняет сердце радостью. Лучшие русские люди будут скоро отданы России, лучшие пастыри будут отданы Церкви… Промысел избавляет русских людей от новой гражданской войны, призывая иноземную силу исполнить свое предназначение. Кровавая операция свержения III Интернационала поручается искусному и опытному в науке своей германскому хирургу. Лечь под его хирургический нож тому, кто болен, не зазорно… Обессиленные и закрепощенные по лагерям, заводам и колхозам русские люди были бессильны подняться против международной атеистической силы, засевшей в Кремле.