Однако самозванцу удалось собрать войско из козаков и местных жителей. В битве под селом Добрыничи оно было разбито, и Лжедмитрий укрылся в Польше. Все, кого схватили правительственные войска, были казнены через повешенье, как изменники.
Две недели войска безрезультатно осаждали деревянную крепость, которую обороняли всего 400 стрельцов, но взять её им не удалось, и они отступили. Дворяне, уберегая свои дружины от разложения, уводили их в поместья.
Весной 1605 года армия практически утратила боеспособность.
В это время, 13 апреля 1605 года, скончался Борис Годунов. Через три дня после его смерти Москва, Великий Новгород, Казань, Астрахань, Поморье и Сибирь присягнули сыну Бориса, шестнадцатилетнему Фёдору. Но он был внуком Малюты Скуратова, и это его погубило. В памяти народной ещё сохранилась ненависть к его деду, пролившему немало крови.
В лагере под Кромами заговорщики во главе с Петром Баскаковым, некоторыми боярами и чернью, подняли бунт, выкрикивая Дмитрия на царство. Верные государю войска ушли из лагеря и за три дня пешком добрались до Москвы. А 1 июня в Москву, сопровождаемые козачьими отрядами, вошли дворяне Гаврила Пушкин и Наум Плещеев. С Лобного места они огласили грамоту «истинного царя», обещавшего всем милость, а кто воевал против него – прощение.
Народ слушал, раскрыв от удивления рты, а к вечеру началось восстание против царя Фёдора Борисовича. Из тюрем выпустили заключённых. В городе воцарился хаос, начались грабежи, убийства, поджоги, погромы винных лавок. На Красной площади начала собираться толпа. Подстрекаемый боярами-изменниками, народ захватил Кремль. Простолюдины кинулись искать по дворцу ценности и уносили всё, что могли. Стража разбежалась. Бояре-изменники схватили царя Фёдора и его мать и заперли их в темнице.
События нарастали как снежный ком. Боярство разделилось. Одни ждали прихода самозванца, часть затаилась, выжидая, и только небольшая группка дворян пыталась организоваться для отпора. Василий Шуйский из ставки изменника в Серпухове слал во все города грамоты о предстоящем восшествии самозванца на престол. Бояре устроили в честь «царевича Дмитрия» пир. А напившись, выволокли из усыпальницы царей – Архангельского собора – гроб с телом Бориса Годунова и выставили останки на поругание. «И каменья в него метали, и начали ногами пхать тело его поверженное и на земле лежащее», – говорит летопись.
Прознав о том, 8 июня самозванец прислал в столицу предписание: уничтожить царскую семью – Фёдора Борисовича и его мать. Приказ сей привёз князь Василий Голицын. Он же привёл убийц к Фёдору и его матери. Фёдор сопротивлялся, как мог, но что мог сделать один подросток против нескольких вооружённых людей? Обоих – и Фёдора и его мать – удушили верёвками.
После расправы князь Голицын вышел к народу и объявил, что царская семья покончила с собой, приняв яд.
Гробы с телами убитых