Пётр Николаевич был близок к Лаврению Павловичу, хорошо знал его сына и едва не попал «под раздачу» после того, как звезда Берия неожиданно закатилась летом 1953 г. Многие из сподвижников Лаврентия Павловича пошли под суд, кто-то покончил с собой, но Бургасова от печального конца спас перевод из аппарата Совмина в Генштаб, последовавший через несколько дней после ареста Берия. Далее Пётр Николаевич переместился из столицы в уже упоминавшийся Свердловск-19, там он являлся заместителем командира по научной работе, защитил докторскую диссертацию.
В 1965 г. Бургасов вернулся в Москву и притом с большим повышением – его назначили заместителем министра здравоохранения СССР – Главным государственным санитарным врачом СССР. В этой должности он оставался более 20 лет, в круг его служебных обязанностей входила организация санитарно-эпидемиологического надзора на всей территории Советского Союза.
Пётр Николаевич лично выезжал на места вспышек опасных инфекционных болезней, им написаны 8 монографий и более 90 научных работ, в т.ч. с результатами анализа данных реальных эпидемий и инфекционных вспышек.
Необходимо отметить, что Бургасов, будучи человеком Системы, т.е. советским чиновником высокого ранга, облеченным большими полномочиями, мог быть не заинтересован в разглашении материалов, опасных для самой Системы – по этой причине беспристрастность суждений Петра Николаевича может быть поставлена под сомнение.
П.Н. Бургасов, заместитель министра здравоохранения Советского Союза, во время встречи с Д. Спенсером, директором Центра исследований инфекционных заболеваний в городе Атланта, США.
Уже после распада Советского Союза он написал автобиографические воспоминания и рассказал в них многое такое, что никак не соответствовало политической коньюктуре, сложившейся в России после 1991 г. Так, например, Бургасов дал исключительно высокую оценку деловым и личным качествам Лаврентия Берия, согласитесь, подобное прямодушие весьма выразительно характеризует его бескомпромиссность. Любопытен и другой пример такого рода: Бургасов прямо пишет о том, что в случае необходимости звонил Андропову, в то время руководителю КГБ, и напрямую решал с ним все проблемные вопросы. Тоже интересное признание, учитывая, что ореол вокруг главной спецслужбы Советского Союза в 1990-х гг. сложился отнюдь не радужный. В своих воспоминаниях Пётр Николаевич рассказывает и о разработках бактериологического