Согласно Федеральному закону «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации», в негосударственных российских учреждениях не может проводиться судебно-психиатрическая экспертиза, а это фактически означает запрет экспертной деятельности любых независимых от государства психиатров. Как отмечает международная правозащитная группа «Агора» в докладе «Политическая психиатрия в России», фактически за Центром имени Сербского остаётся последнее слово во всех связанных с психиатрией вопросах; вопреки положению Уголовно-процессуального кодекса, согласно которому никакие доказательства не имеют заранее установленной силы, заключение Центра им. Сербского практически невозможно оспорить.10
Юрий Савенко, глава Независимой психиатрической ассоциации России, отмечал: «Практически ничего не изменилось. Они в институте не испытывают угрызений совести по поводу своей роли при коммунистах. Это те же самые люди, и они не хотят извиняться за все свои действия в прошлом». «Система всё та же, менталитет тот же», – утверждал Александр Подрабинек. По мнению адвоката Карена Нерсисяна, «институт Сербского не является медицинским учреждением, это орган власти».
Многие судебно-психиатрические экспертизы, проводившиеся специалистами центра в постсоветское время, были назначены с целью признать невменяемыми высокопоставленных должностных лиц в случаях совершения ими изнасилований или убийств, как то было в Чечне с Юрием Будановым, который в конечном итоге был признан вменяемым и осуждён после более чем трёх лет судебных разбирательств; и, наоборот, вменяемыми – очевидно больных, но не угодных власти правонарушителей.
Начиная с 2000-х годов было немало случаев, когда люди, «неудобные» для российских властей, содержались в психиатрических больницах.11 Некоторые из этих людей проходили судебно-психиатрическую экспертизу в Центре имени Сербского и были признаны невменяемыми. Например, в 2003 году в Центре им. Сербского проводилась экспертиза Юрия Давыдова и Евгения Привалова – руководителей «Поэтизированного объединения разработки теории общественного счастья» (ПОРТОС). В ходе экспертизы им поставили диагноз «шизофрения» и признали невменяемыми. Защита настаивала на оправдании Ю. Давыдова и Е. Привалова как психически здоровых людей.
Дмитрий Медков, ложно обвинённый в убийстве собственной сестры, дважды проходил экспертизу