Они жили очень дружно. Мешало только то, что редко удавалось подолгу быть вместе: она все время в театре, у нее частые продолжительные гастроли, а он постоянно в делах, разъездах – Фадеев занимал видные посты в Союзе писателей. Когда удавалось, ждал ее, обживая новую квартиру, обустраивая дачу в Переделкино. Хозяйством занималась Мария Владимировна, мать Лины. Денег было мало, но Лина и Саша чувствовали себя счастливыми. А нехватку личного общения им заменяли письма…
Весной 1941 года Степанова тяжело заболела и в первый раз не смогла поехать с театром на гастроли. Она переехала с семьей на дачу – наконец-то она смогла пожить так, как ей мечталось, вместе с любимым мужем, матерью и сыном. Но счастье было недолгим – началась война.
Художественный театр был эвакуирован – часть труппы через Нальчик в Тбилиси, остальные – в Саратов. Степанова из-за болезни с театром выехать не смогла и эвакуировалась с семьей в Чистополь, небольшой городок на Каме, где разместились семьи Союза писателей. Туда очень долго, очень медленно ехали поездом. На одной из станций, выйдя за кипятком, Лина заметила странную женщину, с потерянным лицом, в старом, но парижском платье. Степанова узнала ее: это была Марина Цветаева. Но познакомиться так и не удалось: ехали в разных вагонах, да и не до того было. Цветаева не смогла остаться в Чистополе и оказалась дальше, в Елабуге. Через месяц она покончила с собой.
В Чистополе Степанова не сидела без дела – сразу же организовала художественную бригаду из актеров местной труппы, писательских жен и отдельных артистов, случайно оказавшихся в городе. Степанова выделялась среди окружающих скромностью, естественностью, неизменной доброжелательностью и простотой в общении. В бригаде она занималась и режиссурой, и организационными делами, и играла вместе с местными актерами. Успех у ее бригады был огромный. Но Лина все равно чувствовала себя в городе оторванной от настоящей жизни. Узнав, что в Саратове Художественный театр продолжает активно выступать, она в августе 1942 года уезжает из Чистополя.
Сначала она приехала в Свердловск, куда летом переместился МХАТ. Но уже осенью театр вернулся в Москву. Там, среди военной разрухи, холода, постоянных налетов, театр продолжал работать. Каждый вечер зал был переполнен.
В 1943 году поставили «Последние дни» Михаила Булгакова о предсмертных днях Пушкина. Степанова играла Натали Гончарову. Фактически это оказался и последний спектакль Немировича-Данченко: 25 апреля 1943 года его не стало.
После его смерти для Художественного театра началась трудная полоса. Лишившись не только талантливейшего режиссера, но и вдохновителя и организатора всего, что происходило в театре, MX AT словно потерял половину жизненной силы. Но театр продолжал работу. Директором был назначен Иван Москвин, художественным руководителем – Николай Хмелев. Степанова много играла – «Воскресенье» и «Три сестры», «Платона Кречета»