Среди прихожан храма был великий зодчий В.И. Баженов, в разное время живший в двух усадьбах по соседству. В доме на церковном дворе у своего брата-пономаря квартировал еще молодым человеком, только ступившим на духовную стезю, будущий митрополит Московский Платон.
В 1812 г. храм серьезно пострадал от огня и грабежей наполеоновских мародеров. Но уже вскоре после освобождения Москвы, 5 декабря, в Андреевском приделе отслужили молебен «об избавлении от иноплеменных». Через полвека, в 1862–1868 гг., храм обзавелся новой колокольней – одной из самых внушительных в Москве. Проект выполнил Н.И. Козловский, средства на строительство пожертвовал богатый прихожанин купец С.Г. Котов. Огромное сооружение, высотой более 60 м, не отличается ни выдержанностью пропорций, ни чистотой стиля. Тем не менее прихотливое смешение романских и ренессанских элементов с формами древнерусского зодчества создает живописный образ, явно ориентированный на созвучие с Кремлем. Во втором ярусе колокольни, тщанием П.И. Харитоненко в память об излечении его дочери от тяжкой болезни, была устроена небольшая церковь иконы Богоматери «Взыскание погибших». Она славилась прекрасным беломраморным иконостасом. Первое время наряду с новой колокольней Софийский храм сохранял и старую. Но в ходе большой реконструкции 1891–1893 гг. ее снесли. Тогда же по проекту В.И. Веригина древнюю трапезную заменили новой, несоразмерно громоздкой, с приделами Николая Чудотворца и Андрея Первозванного. Внесли изменения в форму окон и убранство фасадов. Древние росписи также неоднократно подновлялись.
Революционной осенью 1917 г. храм оказался на линии вооруженного противостояния красного Замоскворечья и белого Кремля. Вокруг гремели выстрелы, свистели пули… Но то было лишь начало крестного пути. В ранние советские годы храм Святой Софии в Средних Садовниках испытал те же притеснения, что и другие московские святыни. Но службы в нем продолжались еще около двенадцати лет. Более того, Святая София пережила в это нелегкое время новый расцвет. В 1922 г. сюда был переведен настоятелем отец Александр (Андреев). Москвич, выпускник Мещанского училища на Большой Калужской, в миру бухгалтер, затем священник, он ранее служил в соседней церкви Воскресения Христова в Кадашах. На новом месте отец Александр развернул поистине подвижническую