В 1933–1936 годах – начальник и комиссар Военно-воздушной академии имени Н.Е. Жуковского. В 1936–1938 годах – начальник Управления высших военно-учебных заведений РККА.
Арестован 19 сентября 1938 года как «участник антисоветского и террористического заговора, который находился в связи с Б.М. Фельдманом, занимался вредительством, направленным к подрыву оборонной мощи ВВС».
4 мая 1939 года был приговорен Военной коллегией к 15 годам лагерей с последующим поражением в правах на 5 лет, лишению звания комкора и конфискации имущества. Во время заседания Коллегии вину свою отрицал. Отбывал срок в Тайшете, Енисейске и других местах. Была арестована и его жена Рузя Иосифовна Черняк (1900–1937), тоже политический деятель, участница Гражданской войны. Она проходила по делу Тухачевского в 1937 году и была расстреляна.
А.И. Тодорский к 1953 г., отбыв в лагере срок, был направлен в ссылку в Красноярский край. В 1955 г. реабилитирован и восстановлен в Советской армии.
Большое впечатление на молодого конструктора (помимо аудиенции у Муссолини) произвело посещение научно-исследовательского и испытательного центра в Монтечелио. Особо он выделил чистоту и порядок в авиационных предприятиях – это всегда было близко Яковлеву и, похоже, укрепило его в мысли сделать свое КБ образцовым в отрасли.
Вообще год 1934-й был для А.С. Яковлева во многом определяющим и как для авиационного специалиста, и как будущего руководителя советского предприятия.
Огромное значение авиации не только как средства передвижения или вида вооружений показала драматическая история обычного грузового парохода «Челюскин», пустившегося в авантюрное плавание по Северному Морскому пути без сопровождения ледоколов. Рейс этот закончился так, как и должен был закончиться – гибелью судна, раздавленного льдами, и за великое счастье надо считать то, что только один человек погиб при крушении. Но 104 человека, включая грудных детей, остались в стужу полярной ночи на льдине! К этой катастрофе было приковано внимание всего мира, но Сталин, великий тактик и стратег Сталин, сумел превратить поражение в победу. По его инициативе к спасению людей, дрейфующих в Ледовитом океане, привлекли авиацию. Уж какими путями – через Владивосток, а далее по морю, через Атлантику и США, а также через неосвоенные просторы Сибири – добирались летчики до Ванкарема, откуда предстояло лететь на льдину, неважно. Но большинство из них добрались и сумели вывезти всех 104 человек на берег. И вот здесь агитационная машина Советского Союза сделала из летчиков чудо-богатырей. Семерым было присвоено только что учрежденное звание Героя Советского Союза. Слова «летчик», «самолет», «герой» стали синонимами. Разведчик Р-5, на котором была вывезена основная масса людей, красовался на марках, открытках, плакатах. И за всем этим маячила величественная фигура отца и учителя – Сталина.
Еще глубже понял Яковлев роль этого человека в истории нашей страны после убийства С.М. Кирова в декабре