Ко времени правления Ивана III Москва стала столицей могущественного государства. Великому князю всея Руси и наследнику византийских императоров требовалась новая величественная резиденция, подобающая правителю великой державы. На святую Русь были приглашены лучшие итальянские мастера, которые построили на сакральном «княжеском» месте новый каменный «златоверхий дворец». К сожалению, Иван III умер, так и не увидев нового государева дворца. Строительство закончилось при его сыне, Василии III, который торжественно переехал во дворец в мае 1508 года. Летописец восторгался: «Новый дворец был таков, каково допреж не бывало, и не вем, будет ли».
В новом государевом дворце было несколько роскошных палат, которые имели различное назначение (Золотая, Грановитая, Столовая, Панихидная, Ответная). Были здесь и личные покои и всевозможные хозяйственные помещения. Все они были связаны между собой переходами, так что можно было из любой части дворца перейти в любое его помещение и домовый Благовещенский собор. К сожалению, от огромного дворца великого князя до наших дней сохранилась лишь величественная Грановитая палата.
Пришедший к власти Годунов возвел на месте старых хором новые обширные каменные палаты, получившие позднее название Запасного дворца. Лжедмитрий I, ставший хозяином Кремля, не пожелал жить во дворце своего «убийцы» – Бориса Годунова и повелел построить для себя новый роскошный деревянный дворец в польском вкусе. По свидетельству пораженных москвичей, Самозванец поставил перед своими хоромами огромного медного цербера, лязгающего челюстями, чем «предвестил себе жилище в вечности: ад и тьму кромешную!» По иронии судьбы, именно в этом дворце Лжедмитрий будет убит, когда, спасаясь от преследователей, выпрыгнет из окна и сломает себе ногу. После смерти Самозванца избранный боярами царь Василий Шуйский, не пожелав жить в оскверненных лжецарем покоях, разобрал их и на том же месте соорудил для себя и царицы новые «брусяные хоромы».
После того как Петр Великий перенес столицу в Петербург, кремлевские дворцы стали приходить в упадок, оживляясь лишь в дни коронационных торжеств. По словам Н.М. Карамзина, Петр «отнял у Кремля славу быть всегдашним жилищем царей». Московский Кремль вызывал у него неприятные воспоминания о стрелецком бунте, оттого государь предпочитал жить в Петербурге или в своих загородных резиденциях.
Едва вступив на престол, императрица Елизавета Петровна приказала архитектору Растрелли построить на месте древних обветшалых палат новый каменный дворец в модном тогда стиле барокко. По словам иноземцев, дворец получился роскошным и вместе со старыми погребами