Однако Каподистрия лишился приобретенного положения, когда Кстантос, эмиссар общества, перешел на службу к князю Александру Ипсиланти, старшему сыну одного господаря, который сначала правил Молдавией, а потом Валахией, и внуку другого.
Генерал-майор русской армии (1817), Ипсиланти потерял в битве при Дрездене (1813) правую руку. Благородное происхождение, связи в России и личная храбрость сделали его подходящим руководителем для греческой революции, которой, благодаря этому, сочувствовал русский император. Ипсиланти согласился и 27 июня 1820 года был провозглашен Генеральным комиссионером Высшей власти (председателем «Филики Этерия»).
Сначала он собирался поднять знамя революции в самой Греции, но, поразмыслив, решил начать борьбу в Дунайских княжествах, с которыми так долго были связаны его предки. Для поверхностного наблюдателя Валахия и Молдавия могли показаться не самым удобным местом для атаки, но Ион (Иоанн) Караджа, бывший господарь Валахии (в 1812-1818 гг.), состоял членом общества, а Александр Суцу, его преемник, ненавидевший революцию, в начале 1821 года был, по слухам, отравлен. Михаил Суцу, господарь Молдавии, и литератор Яковос Ризос Нерулос, его министр иностранных дел, состояли в переписке с Ипсиланти.
Однако коренное население обоих княжеств считало греков-фанариотов не освободителями, а тиранами; румынские крестьяне не испытывали никакого сочувствия к греческому делу; и так уж получилось, что то же самое движение, которое избавило Грецию от турецкого ига, освободило румын от греческих князей, которые ими правили.
Тем не менее, уверенный в своем успехе, Ипсиланти, в сопровождении нескольких сторонников, перешел Прут, по которому с 1812 года проходила граница России и Турции. Это произошло 6 марта 1821 года. Он без сопротивления овладел столицей Молдавии. Гвардия господаря перешла к нему на службу; небольшой отряд турок в Яссах был разоружен, и Ипсиланти и Суцу встретились в доме министра.
Однако обладание властью очень скоро выявило некоторые недостатки революционного лидера. Полный благородных чувств, он не имел опыта управления людьми и делами. Его манифест, в котором он объявил, что «ужасная власть готова покарать храбрость турок и уничтожить их», вызвал недовольство русского правительства. Резня турок в Галаце и Яссах пробудила в душах их соотечественников фанатизм; а шантаж, которому подвергся один местный банкир в интересах революции, напугал других дельцов. Царь Александр разочаровался в Ипсиланти и вычеркнул