То там, то здесь греческие сообщества обладали еще большими привилегиями. Больше всего их имелось у жителей острова Хиос. До захвата турками он принадлежал Генуэзской торговой компании – это был первый пример одной из тех компаний с хартиями, которых так много развелось в наши дни. Изгнав просвещенных генуэзцев из Хиоса, турки сохранили их систему управления, ибо она была очень эффективной, и в начале XIX века хиосцы жили лучше всех других греков. Три «морских» острова: Гидра (Идра), Спеце и Псара, которые в будущем станут колыбелью греческого флота, неожиданно превратились в процветающие сообщества, где моряки имели свою долю в кораблях и их грузах.
В то время Гидрой (Идрой) управлял Георгий Булгарис, талантливый администратор, Спеце – такой же местный чиновник, которого называли зампитес (полицейский), а Псарой – Совет старейшин. Другим греческим островом, в дела которого турки почти не вмешивались, был Тинос, где пять веков господствовали венецианцы. Наксос, бывшая столица католического княжества, сохранил, вместе с другими остатками латинской цивилизации, свое самоуправление и свои прежние обычаи. Двенадцать островов под общим названием Южные Спорады (крупнейшие – Родос и Кос) пользовались особыми привилегиями, которые подтверждали все сменявшие друг друга султаны, правившие после завоевания Родоса турками.
В горных районах (горы Пинд на западе Балканского полуострова в Греции и массив Олимп, также в Греции) христиане имели еще одну, более опасную привилегию – право носить оружие и создавать отряды местного ополчения, которые назывались арматоли. В своих свободных деревнях или элевтерохориях (это слово сохранилось здесь до наших дней) христиане формировали военные отряды, которые в XVIII веке вызывали сильные опасения у центрального правительства. Предпринимались попытки ослабить эти отряды, но только во времена Али-паши Янинского эти усилия увенчались успехом.
«Двадцать четыре деревни Воло», каждая из которых имела свою школу, вызывали восхищение у путешественников, а процветающее поселение Амбилакия, раскинувшееся на склонах горы Оса в Фессалии, благодаря своим красильням соперничало в богатстве с деревнями на горном массиве Пелион (Пилион), пока местная вражда и конкуренция со стороны британских товаров не разорили Амбилакию, а меч Али-паши не уничтожил автономию всех «двадцати четырех деревень», за исключением Загоры.
На полуострове Халкидики конфедерация сел под названием Мадемохория имела право избирать свои местные власти. Привилегией самоуправления обладала и Святая гора Афон, и турецкий чиновник,