Одной из главных задач была охрана Кремля, на территории которого были расположены склады оружия и боеприпасов. Службу здесь несли солдаты 1-го батальона 56-го запасного пехотного полка, считавшиеся в те дни вполне благонадёжными. Однако в связи с активной агитацией большевиков в полку возникло опасение, что арсеналы Кремля могут захватить восставшие.
Один из офицеров 56-го запасного полка предложил провести юнкеров по потайному ходу в Кремль из Александровского сада. Солдаты батальона были разоружены и отправлены в казармы. Охрану Кремлёвского арсенала взяли на себя офицеры и юнкера Александровского военного училища. При этом следует отметить, что с началом боев на московских улицах и на подступах к Кремлю, командующий войсками Московского военного округа полковник К. И. Рябцев самоустранился от руководства вооружённым противостоянием восставшим и впал в тяжёлую депрессию. Ситуацию в Москве он и подчинённые ему органы военного управления и командиры воинских частей не контролировали. Всё это приводило к ожесточённым боевым стычкам и ненужному кровопролитию. В условиях вооруженных беспорядков и отсутствия точных сведений, рождались слухи, порождавшие панику среди гражданского населения. Например, активно обсуждался боевой эпизод, связанный с событиями в московском Кремле. Позже победившие большевики заявили о том, что «юнкера зверски расстреляли в Кремле около 500 безоружных солдат 56-го запасного полка и команды арсенала». Оценки произошедшего на территории Кремля разнятся. Каждая из сторон предоставляла противоречивые доклады о боевой ситуации. Так, в своём рапорте начальник московского артиллерийского склада генерал Кайгородов официально доложил о том, что юнкера открыли ответный огонь после раздавшихся по ним откуда-то нескольких выстрелов. Кто и откуда произвёл провокационные выстрелы по юнкерам так и не установили. По разным оценкам, в боях на территории Кремля было убито от 50 до 300 солдат. Историк И. С. Ратьковский считает, что было убито и ранено 6 юнкеров и около двух сотен солдат. По другим сведениям, в Кремле произошла перестрелка, в ходе которой было убито 4 юнкеров и ранено около 10-ти из них. Среди солдат 56-го полка т команды арсенала было 14 убитых и 2-е умерли от ран. Перестрелку, как отмечается в источнике, спровоцировали выстрелы красногвардейцев, засевших с пулемётами на колокольнях, Кремлёвской стене и в окнах арсенала.
Однако все жертвы этого кровавого боевого эпизода оказались излишними, поскольку, поняв всю бессмысленность дальнейших боевых действий, в ночь на 2 ноября юнкера и другие защитники Кремля покинули его территорию. По решению московского ВРК их отпустили по домам с условием сдачи оружия.
Защитники власти Временного правительства потерпели поражение. Среди основных причин неудачи вооружённого сопротивления восставшим были, на наш взгляд,