В конце 1980-х – начале 1990-х годов Церковь обрела свободу, и на первый план выдвинулся вопрос прославления новомучеников и исповедников Российских. На базе подготовленных Комиссией материалов Архиерейскими Соборами 1992, 1994 и 1997 годов были прославлены двенадцать новомучеников, среди которых – митрополит Киевский Владимир, митрополит Петроградский Вениамин, Великая Княгиня Елизавета и инокиня Варвара, Патриарший местоблюститель митрополит Крутицкий Петр, митрополит Серафим (Чичагов), архиепископ Фаддей (Успенский).
На Юбилейном Архиерейском Соборе 2000 года было принято решение о прославлении Собора новомучеников и исповедников Российских, поименно известных и доныне миру не явленных, но ведомых Богу. Такое прославление всего сонма пострадавших за Христа в XX веке, поименованных и неименуемых, позволило включить в церковное почитание всех святых этого периода. В лике новомучеников и исповедников Российских Юбилейный Архиерейский Собор прославил более тысячи святых, в числе которых – названные св. Патриархом Тихоном кандидаты на Патриарший престол митрополиты Кирилл Казанский и Агафангел Ярославский, Император Николай II и члены Царской Семьи. Архиерейский Собор 2000 года причислил к лику святых и других угодников Божиих, в числе которых св. прав. Алексий Мечев, прп. Серафим Вырицкий, прп. Иов Анзерский – основатель Голгофо-Распятского скита на Соловках, преподобные старцы Оптинские. В общей сложности, результатом деятельности Юбилейного Собора стало прославление для общецерковного почитания 1097 новомучеников и исповедников Российских XX века и 57 подвижников веры и благочестия.
В Русской Православной Церкви в настоящее время процедура канонизации представляет собой следующее. От Священного Синода или из епархий в Синодальную Комиссию по канонизации поступают материалы о подвижнике благочестия, собранные с целью его прославления (сама Комиссия инициатором прославления не выступает). Комиссия проверяет данные о его жизни и служении Церкви, выясняет, пользуется ли подвижник народным почитанием, зафиксированы ли случаи чудотворения при его жизни или после кончины. Для подвижника, который представляется к канонизации, должны быть заранее написаны служба и икона. Если подвижник канонизируется для местного почитания, при положительном решении Комиссии собранные материалы поступают к Патриарху, поскольку для причисления к лику местночтимых святых достаточно его благословения. Если подвижник канонизируется для общецерковного почитания, собранные Комиссией материалы поступают в Священный Синод и к Святейшему Патриарху. Окончательное решение о возможности общецерковной канонизации подвижника принимается на Архиерейском или Поместном Соборе. В межсоборный период вопрос об общецерковной канонизации может быть решен на расширенном заседании Священного Синода с учетом мнения всего епископата Русской Православной Церкви