Уровень семинара к началу XIX века снизился – не было достойных руководителей и квалифицированных доцентов, стесняла нехватка учебников. Когда родилась идея единой Германии с единым языком и культурой, когда были поделены средства среди других факультетов, обсуждалось – нужен ли литовский семинар вообще. Скорее всего, он был бы закрыт около 1809 года, но тут инициативу проявил 33-летний литовский проповедник и приват-доцент Теологического факультета Людвикас Реза. В архивах найдены два его письма близкого содержания, написанные почти в один день (20 и 22 марта 1809 года). Одно было послано в министерство по делам Просвещения в Берлин, а другое – вручено местным властям в Кёнигсберге. В них есть признание, что литовский семинар работает неэффективно, однако предлагается выход, чтобы не закрывать эту структуру, а эффективно реформировать её. Руководить семинаром и в нём преподавать Реза взялся сам: «Так как я сам знаю язык и правительством назначен литовским проповедником, предлагаю свою кандидатуру».
Инициативу Резы поддержал министр Просвещения Пруссии того времени Вильгельм Гумбольдт, приписавший несколько строчек лично для Резы в письме кураториуму университета. Министр обещал поддержать инициативу Резы и предложил реорганизовать деятельность семинара. Дождавшись поддержки министра, Реза отказался от должности военного проповедника, оставив себе право вести проповеди лишь по воскресеньям, и принял предложенную ему профессуру в университете.
6 января 1810 года король Пруссии Фридрих Вильгельм III подписал приказ о назначении Резы экстраординарным профессором теологии и специальным, то есть преподающим, руководителем семинара Литовского языка. По инициативе Резы были вновь организованы два отделения в семинаре. Во втором отделении студенты, только начинающие изучение языка, изучали основы грамматики по программе, подготовленной руководителем семинара, а также устный и письменный перевод. В первом отделении слушатели выполняли