С Яковлевым Сталин поступил так же, как и с остальными своими выдвиженцами: сначала возвысил, потом приблизил к себе максимально близко, после чего «медовый месяц» завершился и наступила пора серых будней, тучи над головой конструктора сгущались всё больше и больше, милость всесильного вождя сменилась на недоброжелательное отношение, всё время маячила угроза репрессий. Лишь талант и способность конструировать новые, удачные самолёты, отдалили грозу. А ведь, казалось бы, ну чего ему было опасаться? Весь советский строй, казалось, был создан для таких, как он, молодых людей с пролетарским происхождением. У него в биографии не было ни единого пятнышка, он был незаменим, поскольку лишь единицы имеют талант настоящего конструктора, он вступил в партию и всегда был лоялен. И всё равно он всё время ходил под дамокловым мечом, как и все в этом зловещем, тёмном сталинском царстве, в котором даже его ближайшие родственники не были застрахованы от внезапного и бессмысленного физического уничтожения.
Вот как он описывает один эпизод из жизни, случившийся с ним во время войны. Неожиданная правда. «В начале июня 1943 года мы совершенно неожиданно попали в беду». Мы – это он и его коллега, заместитель министра Дементьев. Дементьев в 1941 году был назначен первым заместителем народного комиссара авиационной промышленности СССР, проработав в этой должности до 1953 года. Во время войны отвечал за серийный выпуск самолётов. После смещения и расстрела Берии в августе 1953 года Дементьев был назначен министром авиационной промышленности СССР.
«В последний момент, когда наши войска готовились к отражению нового наступления противника, выяснилось, что полученные фронтом с восточных заводов ЯКи, составлявшие подавляющее большинство истребительных самолетов на Курском направлении, оказались небоеспособными.
3 июня 1943 года меня и заместителя наркома П. В. Дементьева, ведавшего вопросами серийного производства, вызвали в Ставку Верховного Главнокомандования. В кабинете кроме Сталина находились маршалы Василевский и Воронов. Мы сразу заметили на столе куски потрескавшейся полотняной обшивки крыла самолета и поняли, в чем дело. Предстоял неприятный разговор.
Дело в том, что на выпущенных одним из восточных заводов истребителях ЯК‑9 обшивка крыльев стала растрескиваться и отставать. Произошло несколько случаев срыва полотна с крыльев самолета в полете. Причиной этому явилось плохое