Через десять лет академической деятельности, в 1861 году, П.Д. Юркевича пригласили занять кафедру философии в Московском университете.
Мы выделили три этапа научного творчества П.Д. Юркевича, взяв за основу тематику его работ:
философско-богословский период (1859 – март 1861 г.). В это время П.Д. Юркевичем были написаны основные работы, касающиеся проблем философии и богословия;
философско-психологический период (апрель 1861–1863 гг.). Это период полемики ученого с представителями материалистического направления по вопросам, касающимся принципиальных положений психологической науки, рассматривавшейся тогда в рамках философии;
психолого-педагогический период (1864–1872 гг.). В эти годы П.Д. Юркевич разрабатывал основные положения собственной психолого-педагогической концепции. Им было написано множество статей по заказу журнала Министерства народного просвещения, в которых он изложил свои взгляды на обучение и воспитание детей, проанализировал труды педагогов и психологов, авторов учебников того времени.
После 1870 года П.Д. Юркевич писал мало. В 1872–1873 годах он уже был болен и тревожился за больную жену, но не расставался с книгами и весьма огорчался, что хлопоты и болезни отвлекают его от научных занятий. В 1873 году в Крыму умерла жена, П.Д. Юркевич тяжело переживал ее смерть. Через год, 4 октября 1874 года, на 49-м году жизни, скончался и он и был похоронен в Москве в Даниловом монастыре.
В психологическом наследии П.Д. Юркевича прослеживается ряд характерных черт метафизического направления в психологии. Отметим, что его научное творчество отличается религиозным звучанием. Кроме того, П.Д. Юркевич считал интроспекцию основным методом исследования психологии. Вместе с тем ученый не только критиковал некоторые положения естественной концепции развития психологии, но и умозрительный путь построения будущей психологической науки в рамках философии. П.Д. Юркевич также не отрицал связи психологии с физиологией, хотя подчеркивал уникальность психики человека как предмета психологии, изучение которого трудно загнать в узкие рамки эксперимента.
П.Д. Юркевич внес определенный вклад в разработку многих проблем общей психологии. Несомненный интерес представляет изучение им проблемы темперамента. Его можно считать одним их основателей конституциональной теории темперамента. В отличие от современных исследователей, П.Д. Юркевич полагал, что темперамент – категория подвижная, зависящая от возраста человека. Ученому принадлежит оригинальная концепция возрастной периодизации развития личности, в которой основным критерием выступает темперамент.
П.Д. Юркевич явился одним из основателей возрастной и педагогической психологии. В его работах «Чтения о воспитании» (1865) и «Курс общей педагогики с приложениями» (1869), написанных раньше сочинения К.Д. Ушинского «Человек как предмет воспитания», нашла воплощение попытка