Більшість із захоплених козаків незабаром були страчені. Проте Семерій Наливайко чекав своєї долі без малого рік. На думку багатьох істориків, власті хотіли якомога більше дізнатися про його зв'язки з князем Острозьким – головним на той момент супротивником уніатства в Україні. Страчений керівник козацького повстання був тільки 11 квітня 1597 року у Варшаві.
Поразка повстань Косинського і Наливайка зовсім не означала занепаду козацтва, навпаки. Цікаво, що одним із перших, хто це зрозумів, був коронний гетьман Станіслав Жолкевський. Він побачив, що козацтво має широку підтримку у населення і з тривогою писав, що «вся Україна покозачилася». Станіслав Жолкевський ще майже чверть століття керував озброєними силами, а потім і урядом Польщі. Надалі він прагнув проводити відносно козаків гнучку політику. Жолкевський розумів, що Польщі потрібні козаки, тому намагався знайти з ними компроміс, хоча і не любив їх. Разом з польськими військами козаки брали участь у військових кампаніях у Молдавії, Прибалтиці, Московії. Коли ж у 1620 році гетьман все ж таки вирішив відмовитися від широкомасштабної допомоги козацтва, польське військо зазнало катастрофічної поразки від турок під Цецорой. Це було не тільки його поразкою, але і поразкою політики Речі Посполитої по відношенню до козацтва. До чого привела ця поразка, Польща сповна дізналася в 1648–1654 роках…
Берестейська унія 1596 року
Установлюючи свою владу в західноукраїнських землях, поляки постійно стикалися з проблемами релігійного характеру. Будучи ревними католиками, вони прагнули розповсюдити свою релігію і на підкорені території. Проте зробити це з населенням, яке впродовж п'яти століть сповідало православ'я, було зовсім не просто. У цих умовах Римська церква пішла на компроміс, який (зараз це можна сказати напевно) довів свою життєздатність.
Після Люблінської унії рух до об'єднання церков прискорився. У 1577 році широкий резонанс дістало знамените міркування католицького теолога, першого ректора Віленського університету Петра Скарги «Про єдність церкви Божої». У той самий час єзуїти систематично вели роботу серед провідних українських магнатів, щоб схилити їх до підтримки ідеї унії. І це, треба сказати, їм непогано вдавалося, зокрема, на їх сторону перейшов могутній православний феодал князь Острозький. Ревностний католик король Сигізмунд III використовував всі свої можливості, щоб за допомогою унії, хай і на обмеженій території, принести користь Риму, який в останні десятиліття тільки і робив, що програвав – у Німеччині, Франції, Англії. При цьому поляки не випускали з уваги і своїх політичних завдань, прагнучи підірвати вплив Московії на західноруські землі. Тим паче, що в 1589 році було встановлено патріаршество «всея Русі», що має на увазі претензії Москви на