В Базеле помимо преподавательской деятельности он взялся за исправление плачевной ситуации в местных аптеках. Проверяя деятельность аптекарей, контролируя правильность выписки рецептов, устраивая визитации, регулируя таксы и проценты в обоюдной прибыли врачей и аптекарей, он пытался устранить недостатки в работе базельских аптек. Среди его знаменитых пациентов кроме Фробена были известнейший гуманист эпохи Эразм Роттердамский, а позже настоятель собора Корнелиус фон Лихтенфельс, Корнелиус фонЛихтенфельс. Между тем зыбкость положения Гогенгейма как преподавателя усугубилась судебной тяжбой с Лихтенфельсом по поводу гонорара за лечение. Все это привело его к преждевременному и опрометчивому решению покинуть Базель.
Неурядицы в Базеле, а также неудачная попытка опубликовать свои медицинские сочинения в Нюрнберге (1530) были для Гогенгейма, человека, намеревавшегося реформировать медицинскую науку, настоящим ударом. При этом представляется исторически неверным рассматривать научные споры Парацельса (гуманистический псевдоним Гогенгейма, взятый им в 1529 году) с его оппонентами исключительно как борьбу света и добра с силами тьмы. В бурных спорах, которые в зависимости от ситуации могли закончиться сожжением книг брызжущего слюной визави, в ожесточенной даже по представлениям того неспокойного и грубого времени полемике, вызывающей к жизни образ современника Парацельса Михаила Колхаса и связанной с трепетным отношением к получению и сохранению прав, отразился дух эпохи со всеми его важными сторонами, пристрастиями и возможностями. Следуя традиции, заложенной Гиппократом, Гогенгейм видел во врачебной деятельности в большей мере искусство, чем науку, притом самое высокое и благородное, которому, однако, угрожает