С середины XII века начинается большая колонизация этих мест, провидимая великим Киевским князем Юрием Владимировичем Долгоруким, и прежде всего – его сыном, святым русским князем Андреем Юрьевичем Боголюбским, который сам всю Белую Суздальскую Русь «городами и селами великими и многолюдными учинил». Люди с большой охотой переезжали в Залесскую землю с Киевской Руси, страдавшей от постоянных набегов кочевников. Переселенцы получали землю, льготы и право основывать поселения. Они не только расширили дороги, но и построили в Залесье много новых городов и укреплений.
Начиналась эпоха христианизации края, требовавшая не только простых миссионеров-проповедников, но великих мужей, молитвенников, просветителей, ораторов, богословов, которые бы могли словом, делом, а главное – личным примером своего жизненного пути обратить заблудших язычников ко Христу. Большое участие в этом деле приняла Великая Киевская Успенская Печерская Лавра. Обитель преподобных Антония и Феодосия Печерских взрастила целый сонм просветителей и учителей слова Божия: «Мнози бо монастыри от князь и от бояр и от богатства поставлени, но не суть таци, каци суть поставлени слезами, пощением, молитвою, бдением». Киево-Печерский монастырь стал центром духовного просвещения и христианской академией для всей Руси.
При святом благоверном князе Андрее Боголюбском светская власть всячески поддерживала Церковь: оказывалась реальная материальная поддержка, шло развернутое строительство храмов и основание обителей.
Обращение вятичей ко Христу происходило на рубеже XI–XII веков трудами преподобного Кукши Печерского Чудотворца и его учеников. Едва ли не самой актуальной для образованных русских людей того времени была идея особенной избранности Руси, «в последние времена» пришедшей к Богу. Более того, буквально принимая Евангельскую заповедь: будут последние первыми, и первые последними (Мф. 20, 16), русские книжники не сомневались в том, что Господь, вспомнив о них, приблизит их к себе именно «в последние времена». Распространение христианской веры от края и до края Русской земли казалось подлинным торжеством воплощения Божественного замысла – обращать ко Христу народы перед Вторым Пришествием Спасителя и Страшным Судом. Думается, что именно эта идея, а вместе с ней и глубокое осознание своей личной ответственности перед Богом влекли православных монахов-миссионеров в области, населенные язычниками (Кукша и Пимен Печерские, преподобный Авраамий Ростовский, святители Леонтий и Исайя, епископы Ростовские и преподобный Герасим Вологодский). Преподобный Кукша был убит ревнителями язычества, но успел посеять среди воинствующих племен вятичей семена веры Христовой.
На месте обширного лесного массива на берегу реки Вори у Стромынского тракта находилось крупное славянское поселение, а на вершине, над рекой Ворей, на холме, располагался культовый языческий центр. Живописность этого места, удобное географическое положение, могучий лес над рекой, глубокие карстовые пещеры, безусловно, привлекли сначала христианских миссионеров, а после христианизации края – монахов-скитников.
Стромынский тракт – древняя дорога, которая начиналась в городе Суздале и шла на юго-запад. Владимир Мономах в своем «Поучении детям» писал, что прошел в Залесскую Русь через вятичей. Происходило это в 1101–1102 годах. Благодаря Владимиру Мономаху дорога получила продолжение в город Киев, а в XII–XIII веках превратилась в оживленную артерию северо-восточной Руси.
Сегодня нам достоверно неизвестно, когда именно поселились здесь монашествующие, неизвестны имена первых отцов-основателей обители Берлюковской. Первые монашеские поселения можно отнести к концу XII – началу XIII в.
Можно предположить, что первые поселения были пещерными. При пещерах возникла обитель Святого Николая Чудотворца и заняла обширную территорию леса над ними. Скорее всего, в то время в обители было два храма: пещерный во имя Святого Иоанна Предтечи и Святителя Николая Чудотворца – на месте сброшенных языческих истуканов. Рядом располагалось поселение Берлино, благодаря чему обитель и стала называться Свято-Николаевская Берлинская пустынь (скит).
Во всех исторических описаниях Николаевской Берлюковской пустыни существует интересное упоминание, на которое никто из исследователей до сих пор не обратил внимания. В перечне настоятелей обители указан строитель Феодорит. Он единственный из всех, кто упомянут в рукописном описании пустыни. О нем говорится, что впоследствии, около 1572 года, он был епископом Тверским (следовательно, когда Берлюковской пустыни не было – автор описания пустыни Л.И. Денисов). В результате проведенных тщательных исследований обнаружилось,