Однако взаимоотношения между главами Церкви и светскими русскими правителями оказались крайне противоречивыми. Уже митрополит Феодосий (Бывальцев, † 1475), взошедший на митрополичий стол в 1461 г. по благословению умирающего митрополита Ионы и волею великого князя Василия Васильевича, оказался в сложном положении, потому что в 1462 г. после кончины отца великокняжеский стол занял властолюбивый князь Иван III Васильевич. Одолевали нового митрополита и иные проблемы: нужно было утверждать самостоятельный статус Московской митрополии во взаимоотношениях не только с Константинополем, но и с наиболее влиятельными русскими владыками, прежде всего, с новгородским и тверским, которые критически относились к праву его предшественника Ионы именоваться митрополитом. Не признавали этого права за московскими святителями и в Литве, где был свой митрополит. Кое-что новому митрополиту сделать удалось, в частности, преодолеть некоторую оппозиционность тверского епископа и новгородского архиепископа, а также наладить отношения с Константинополем. Впрочем, на первый план для митрополита Феодосия вышла совсем другая проблема, связанная с внутренними, духовными сюжетами. Будучи сам образованным человеком, Феодосий начал труды по искоренению безграмотности русских священников, смещая недостаточно образованных иереев с мест их служения. Но результат оказался обратным – значительное число храмов осталось без священников, а митрополита начали повсеместно «проклинать». Узнав об этом, Феодосий «разболелся» и в 1464 г. оставил митрополичий стол (он ушел в монастырь, сначала в кремлёвский Чудов, затем – в Троицкий, где и скончался спустя десять лет)285.
Перед своим уходом Феодосий благословил на митрополичье служение суздальского епископа Филиппа. Митрополит Филипп († 1473) продолжил борьбу московских владык с западнорусскими митрополитами. Эта борьба была осложнена тем, что Григорий Болгарин отрекся от унии и был признан константинопольским патриархом Дионисием единственным «истинным» православным митрополитом «на всей Руской земли»286. Следовательно, возникла опасность, что таковым Григория признают все русские епархии, в том числе находящиеся под церковной властью московского митрополита. И эта опасность была вполне реальной, в частности, новгородцы, конфликтовавшие в этот период с московским великим князем, отказывались признавать верховенство и московского митрополита (так, исследователи