В 1446 году, по словам летописи, архиепископ Евфимий «заложи монастырь св. Георгия в городке Ладоге и церковь св. Георгия понови и подписа, идеже отпало и покры ю чешуею и бысть крестьянам прибежище». После этого церковь упоминается в исторических записях как Георгиевский Застенный монастырь. В смутную эпоху он был совершенно разорен и только после Столбовского договора с шведами, в 1618 году, был вновь освящен игуменом Феокритом. В церковной грамоте, хранящейся в алтаре, пишется об этом следующее: «Водружен сей крест в храме великомученика Христова Георгия в лето от сотворения мира 7126, а от Рождества Христова в 1618, ноября 2 день на память св. мучеников Анкидина и Пигасия и иже с ними; при державе царства при благоверном царе и великом князе Михаиле Феодоровиче всея Руси; при пастве великого господина Исидора Великого Новгорода и Великих Лук, а святил Николая Чудотворца Медведского монастыря игумен Феокрит».
Через 300 лет после основания Застенный монастырь был упразднен, и Георгиевская церковь стала числиться снова приходской. В 1837 году указом духовной консистории она была приписана к Успенскому женскому монастырю в Ладоге, но в 1839 году прихожане снова выхлопотали независимое положение древнему храму. Много раз церковь приходила в обветшалое состояние и снова подновлялась.
При всех таких переменах, разрушениях и перестройках исчезала мало-помалу древняя стенная живопись храма и изменялась отчасти его архитектура.
В конце восемнадцатого столетия новгородский митрополит Гавриил, проездом в Петербург, осматривал Рюрикову крепость. Надеясь найти какие-нибудь надписи о времени построения храма, он приказал отбить штукатурку в некоторых местах. Под первым отбитым слоем нашли второй, расписанный красками, под этим третий, на котором увидали сохранившиеся еще фрески. Обнаружили также и надписи, но важного в них ничего не нашли. К сожалению, отбивали штукатурку неосторожно и неумело, обнажали то один слой, то другой, причем оба портили. При более тщательной и умелой работе в то время могли еще обнаружить и, может быть, сохранить полный образец стенной живописи XII столетия.
Церковь Святого Георгия. Первоначальный облик южного фасада. Реконструкция С.В. Лалазарова
Облик Георгиевской церкви в конце ХVI в.