В организации разведывательной работы за границей опять-таки ведущее направление было немецкое.
Второе – связано с Францией, Италией, странами, оккупированными немцами. Третье – нацелено на США. Оно также включало в себя научно-техническую разведку. Четвертое направление касалось Японии, Маньчжурии, Кореи и Китая. Специальным направлением считались Синьцзян, Монголия и другие территории на Дальнем Востоке.
Наряду с этими обстоятельствами следует отметить, что контрразведывательное управление и управление военной контрразведки, а также транспортное управление имели самостоятельные выходы за границу через соответствующую агентуру. Большую разведывательную работу проводило управление пограничных войск, которое имело свои собственные разведывательные отделы и в соответствии с положением о нем также отвечало за разведку театра военных действий в прифронтовой полосе. Это смешение функций очень отчетливо себя проявило в том, что информация, поступавшая по различным источникам, нуждалась в правильной координации деятельности основных оперативных разведывательных подразделений. Зачастую это не удавалось осуществить. Скажем, управление пограничных войск вообще вышло в 1941 году из структуры органов госбезопасности и перешло в НКВД. Это удлинило сроки ознакомления с материалами разведки погранвойск руководства органов безопасности. Усложнилась реализация этих материалов. Курирование основных направлений работы также усложнилось, например, транспортное управление в канун войны осуществлялось в большой степени по линии НКВД, так как его начальник С. Мильштейн имел личный выход на Берию как на наркома внутренних дел, хотя формально работал в аппарате наркомата госбезопасности.
Контрразведывательную и разведывательную работу курировал заместитель наркома госбезопасности Б. Кобулов. К нему стекалась вся информация.
Эта структура НКВД-НКГБ дает нам основания понять два момента. Во-первых, не было никаких иллюзий, что главным противником является Германия, и, во-вторых, что источник войны находится в пределах Европейского театра военных действий. Работа Секретно-политического управления (СПУ) заключалась в том, чтобы парализовать во время войны, в особых обстоятельствах использование остатков антисоветских политических партий и организаций – основного резерва вражеских спецслужб в противоборстве с советским государством. Еще одно направление в работе СПУ, перешедшее из иностранного отдела, – недопущение вооруженных выступлений националистических организаций в поддержку главного вероятного противника. Главная нацеленность на оперативно-розыскные мероприятия всего аппарата госбезопасности сыграла очень большую роль в будущей войне. Никаких организованных групп, которые бы выступили в поддержку немцев, в нашем тылу не могло возникнуть.