Нельзя не сказать о крупных недостатках и организационной неразберихе в ходе польской кампании и при вводе войск в Прибалтику, о чем руководству страны было известно. Военная контрразведка регулярно направляла важные сообщения о неблагополучной обстановке в Военно-воздушных силах Красной армии, что выражалось в слабой организации взаимодействия различных родов войск и ВВС, плохом состоянии ПВО, особенно в приграничных военных округах, которые развернуты были во фронты.
Сейчас известно, что приказ о подготовке к выдвижению войск на территорию Восточной Польши и Западной Белоруссии последовал сразу же после первых дней нападения Германии на Польшу, однако, кроме командования пограничных войск, никто из руководителей разведки и контрразведки НКВД об этом не был проинформирован. Мобилизация офицеров запаса по линии госбезопасности и дополнительный набор из среды военных и партактива на службу в органы НКВД рассматривались нами лишь как проведение обычных учебных сборов и расширение штатов в связи с обострением международной обстановки. Знаменательно, однако, что учебные сборы по линии запаса НКВД были использованы для последующего комплектования разведывательных и контрразведывательных оперативных групп в процессе продвижения наших войск на Запад.
Особого внимания заслуживает и то обстоятельство, что в условиях начавшейся войны из чекистского и общевоинского запаса, а иногда прямо из заключения на службу вернулись уволенные в результате чисток 1937–1938 годов опытные оперативные кадры. Это ныне широко известные А. Коротков, В. Фишер, Р. Абель, Е. Зарубина, Г. Хейфиц, К. Кукин, Ф. Парпаров и другие. Вместе с присоединившимися к ним из заключения и запаса Я. Серебрянским, И. Каминским, Н. Белкиным, М. Яриковым, П. Зубовым они также передали свой богатейший опыт молодым кадрам, включившимся в разведывательную работу после окончания Школы особого назначения. Таким образом, советская разведка выполнила свои задачи в годы войны, несмотря на тяжелейшие потери по линии репрессий.
В этот период резко возросла роль территориальных органов безопасности в ориентировании правительства относительно событий, происходивших в Западной Белоруссии и Прибалтике. Органы НКВД Белоруссии и Украины, транспортное управление докладывали о реальной обстановке на сопредельной территории, о продвижении немецких войск, о реакции в Польше в связи с поражением ее войск на основных фронтах. Наше выступление против поляков было неизбежным, поскольку мы должны были встретиться с немецкими войсками на рубежах, определенных соглашением, и преградить им путь к вторжению на западные территории Белоруссии и Украины. Нами учитывалось то обстоятельство, что «Карпатская Украина» разыгрывалась немцами и французами накануне войны как козырная карта против СССР. Поэтому нельзя было допустить, чтобы немецкие войска оккупировали территорию, где могла быть провозглашена независимая Западно-Украинская