С устройством новых церквей для великокняжеского двора, так называемых верховых, Спасский храм становится приходским для дворцовой прислуги: «…весь дворец, ключники, и стряпчие, и сытники, и приспешники, и повары тут приходят, и рано для их служба живет, чтоб отправясь шли, всяк на свой приспех, к Царьскому столу готовить».
В XVIII в. Спасский собор, как, впрочем, и весь Кремль, лишась бдительного ока царя, стал ветшать. Много раз собор осматривали архитекторы и неизменно доносили обо всех новых и новых ветхостях, которые надо было исправлять. Вот в 1730 г. сообщалось, что сквозь своды шла течь, черепица во многих местах обвалилась и все «поросло лесом, березы, осины и рябины». В 1760–1763 гг. старое и ветхое здание разобрали и под руководством М.Ф. Казакова сложили заново.
Так продолжалось до XIX в. В наполеоновское нашествие храм уцелел, хотя и был ограблен. Только в 1850–1860-х гг. храм отреставрировали по проекту известного тогда архитектора Ф.Ф. Рихтера и заново расписали.
Особое внимание при поновлении храма было обращено на место захоронения просветителя зырян (или, как их тогда называли, пермяков) святого Стефана Пермского. Он еще мальчиком, живя в своем родном городе Устюге, научился чтению – «всей грамотичной хитрости и книжной силе». Таким любознательным людям, как Стефан, была тогда одна дорога – в монастырь, где он обрел многих своих товарищей, таких же искателей истины и света. 13 лет провел Стефан в Григориебогословском монастыре в Ростове – и после этого он решился стать миссионером, как «издавна у него сдумано бяше». Он выучился зырянскому языку и принялся за составление азбуки, так как зыряне «не знаху, что есть книги», для чего он воспользовался употреблявшимися у них с давних времен знаками, пометами на вещах.
Миссионерство Стефана проходило с большими трудностями. Особенно сопротивлялись его проповеди языческие жрецы, а среди них некий жрец Пам: «Лют супротивник преподобному и злоратоборец велик, неукротим супостат и боритель». Стефан и Пам как-то спорили друг с другом день и ночь, забыв о сне и пище, пока не решили доказать истинность своей веры и ложность противника испытанием огнем и водой. При большом стечении народа разожгли большой костер, сделали две проруби во льду, куда после испытания огнем должны были спуститься спорившие, но язычник Пам убоялся испытаний и, посрамленный, удалился из зырянской земли, а Стефан одержал полную победу.
Деятельность его поддерживалась московскими князьями и церковными иерархами, и в 1383 г. он был рукоположен в сан епископа Пермского. На земле зырян епископ Стефан основывал школы, богадельни, монастыри, организовывал перевод книг на зырянский язык и их переписку. Он «во время трудные» раздавал голодающим