Вступив в 1922 в управление Петроградской епархией, сотрудничал с Советской властью. 26 июня 1941 обратился к своей пастве с патриотическим воззванием «Церковь зовет к защите Родины!». Поддерживал усилия приходов и церковного народа по сбору средств в Фонд обороны. 4 сентября 1943 по приглашению Председателя Совнаркома СССР И.В.Сталина митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий вместе с патриаршим Местоблюстителем митрополитом Сергием и митрополитом Киевским и Галицким Николаем принял участие во встрече с советским руководством в Кремле. В 1945 митрополит Алексий избран Патриархом Московским и всея Руси. В речи перед панихидой по И.В. Сталину, состоявшейся на Патриаршем Соборе в день его похорон 9 марта 1953, Патриарх Московский и всея Руси Алексий I сказал:
«Великого Вождя нашего народа Иосифа Виссарионовича Сталина не стало. Упразднилась сила великая, нравственная, общественная: сила, в которой народ наш ощущал собственную силу, которою он руководился в своих созидательных трудах и предприятиях, которою он утешался в течение многих лет. Нет области, куда бы не проникал глубокий взор великого Вождя. Люди науки изумлялись его глубокой научной осведомленностью в самых разнообразных областях, его гениальным научным обобщениям; военные – его военному гению; люди самого различного труда неизменно получали от него мощную поддержку и ценные указания. Как человек гениальный, он в каждом деле открывал то, что было невидимо и недоступно для обыкновенного ума.
Об его напряженных заботах и подвигах во время Великой Отечественной войны; об его гениальном руководстве военными действиями, давшими нам победу над сильным врагом и вообще над фашизмом; об его многогранных необъятных повседневных трудах по управлению, по руководству государственными делами – пространно и убедительно говорили и в печати, и, особенно, при последнем прощании сегодня, в день его похорон, его ближайшие соработники. Его имя, как поборника мира во всем мире, и его славные деяния будут жить в веках.
Мы же, собравшись для молитвы о нем, не можем пройти молчанием его всегда благожелательного, участливого отношения к нашим церковным нуждам. Ни один вопрос, с которым бы мы к нему ни обращались, не был им отвергнут; он удовлетворял все наши просьбы. И много доброго и полезного, благодаря его высокому авторитету, сделано для нашей Церкви нашим Правительством.
Память о нем для нас незабвенна, и наша Русская православная церковь, оплакивая его уход, провожает его в последний путь, «в путь всея земли», горячей молитвой.
В эти печальные для нас дни со всех сторон нашего Отечества от архиереев, духовенства и верующих и из-за границы от Глав и представителей Церквей, как православных, так и иностранных, я получаю множество телеграмм, в которых сообщается о молитвах о нем и выражается нам соболезнование по случаю этой печальной для нас утраты.
Мы молились о нем, когда пришла весть об его тяжкой болезни. И теперь, когда его не