Ну а армия под влиянием левеллеров дошла уже до открытых мятежей. Взбунтовались полки в Конкбаш-Филде, в Вэре, в Хергсе, Гертфордшире. Однако Кромвель сумел их усмирить.
Предал военно-полевому суду 14 руководителей бунта, но раздражать солдат не хотел, и расстреляли только одного, избранного по жребию. После чего Кромвель устроил в войсках чистку, изгнал и пересажал левеллерских активистов. Хотя и продолжал при этом оказывать демонстративное покровительство сектантам – то бишь веруй как угодно, но не выступай против командования. Восстановив повиновение, Кромвель созвал в апреле 1648 г. совещание руководителей армии и военных проповедников-»святых», на котором было принято секретное решение – убить короля.
Но в это время против революционеров начала подниматься уже вся страна. Восстания ширились в Норфолке, Суффолке, Эссексе, Кенте, Уэльсе. Флот поднял королевский флаг. Шотландцы перешли границу и вступили в Ланкашир. Причем далеко не везде восстания были роялистскими. На юго-востоке их возглавили пресвитериане, выступавшие за «парламентское дело», против своевольства армии. На западе джентри поднялись под лозунгом примирения парламента и короля во имя спасения государства. А кое-где просто бунтовали голодные крестьяне и чернь. Тем не менее армейская верхушка объявила эти разрозненные очаги «второй гражданской войной» и двинула войска на подавление. Ферфакс усмирял недовольных в окрестностях Лондона, Кромвель отправился в Уэльс.
Плохо организованных и не умеющих воевать повстанцев раздавили мгновенно. И обращались с побежденными куда более жестоко, чем в первую гражданскую. Фанатичная гордыня Кромвеля начинала зашкаливать, он стал отождествлять свою позицию с волей самого Господа. Объявил, что главная причина возобновления борьбы – это «снисходительность» после прошлых побед. И писал: «Вина тех, кто проявил себя в летнем деле, определенно удваивается по сравнению с виной тех, кто участвовал в первом, так как это повторное преступление, что и засвидетельствовал Бог, содействуя нашей победе во второй войне». Получалось, что повстанцы совершили преступление против Бога, противясь Его предначертаниям. Кромвель требовал «мстить» и прошелся по Уэльсу, оставляя за собой только развалины. Борьба здесь закончилась в июле 1648 г. капитуляцией в Пембруке пресвитерианских лидеров Лафарна и Пойера.
В Эссексе и Кенте мятежников тоже разбили, многих казнили. А шотландцы прервали наступление, остановились в Нортгемтоне и Ковентри, чтобы собрать припасы для войска. Но Кромвель, покончив с Уэльсом, быстро повернул против них, соединился с Северной армией Ламберта и 17 августа разгромил шотландцев при Престоне, вынудив их заключить мир. Сношения Карла с Шотландией снова были квалифицированы как «измена». И после ликвидации