Этот разговор состоялся как раз перед 70-летием Сталина. И он добавил: «Вы приезжайте ко дню моего рождения». Я и приехал к этому декабрьскому дню. Сдал дела на Украине, перебрался в Москву. Тут меня избрали секретарем МК, я начал работать по новой. Быстро увидел, что мой приезд в Москву противоречил предположениям Берии и Маленкова. У меня сложилось тогда впечатление, что Сталин (он этого не сказал мне), вызывая меня в Москву, хотел как-то повлиять на расстановку сил в столице и понизить роль Берии и Маленкова. Мне даже иногда казалось, что Сталин сам боится Берии, рад был бы от него избавиться, но не знает, как это получше сделать. Перевод же меня в Москву как бы противопоставлял нас, связывая Берии руки. Сталин, как мне казалось, хорошо ко мне относился и доверял мне. Хотя он часто критиковал меня, но зато и поддерживал, и я это ценил».
Вслед за Ленинградом Сталин провел чистку в Московской парторганизации. 20 октября 1949 года Сталину и членам Политбюро поступило письмо за подписью трех инженеров одного из московских заводов (впоследствии было установлено, что фамилии авторов письма вымышленные), где указывалось на серьезные недостатки в работе первого секретаря МК и МГК ВКП(б) Г.М.Попова.
По предложению Сталина была образована комиссия Политбюро ЦК в составе Г.М.Маленкова, Л.П.Берии, Л.М. Кагановича и М.А.Суслова для проверки указанных в письме фактов. По результатам проведенной проверки 12 декабря было принято постановление Политбюро ЦК «О недостатках в работе тов. Попова Г.М.». Там, в частности, отмечалось, что Московский комитет «проводит неправильную линию в отношении союзных министерств и министров, пытаясь подмять министров и командовать министерствами, подменять министров, правительство и ЦК ВКП(б)», что «МК и МГК ВКП(б), занимаясь в основном хозяйственными делами, не уделяют должного внимания вопросам партийно-политической и внутрипартийной работы».
Пленум МК и МГК ВКП(б), состоявшийся 13–16 декабря, признал, что ЦК «правильно и своевременно вскрыл крупные недостатки в работе Попова и бюро Московского областного и городского комитетов партии». Пленум осудил также «беспринципную позицию секретарей и членов бюро, зажим критики и самокритики, грубые нарушения отдельными руководителями государственной и партийной дисциплины, серьезные ошибки в работе с кадрами». Попов был освобожден