Этот политическо-супружеский союз был лишь усилен рождением в 1478 году второго ребенка, сына Хуана.
Короли раз и навсегда решили, что в делах государственного управления они будут действовать сообща, чтобы нести за них ответственность в равной мере.
Теперь супругам оставалось осуществить одно важное дело: сократить могущество грандов. Для этого Изабелла атаковала на нескольких фронтах, и начала она с военно-религиозных орденов, которые были настоящими маленькими государствами с сильными замками и своими органами правосудия. Внезапно, или поддержанная папой, она дошла до того, что назначила своего мужа начальником всех орденов, рассеянных по ее стране. Жадность Фердинанда, впрочем, нашла там добрую пищу, и эта операция обогатила королевскую казну.
Все современники поражались, насколько единодушно правят Изабелла и Фердинанд, но они не могли не знать, сколько интриг понадобилось сплести, сколько козней посеять, в скольких сражениях выстоять пришлось каждому из них, прежде чем удалось взойти на престол. Корону им не фея в колыбель положила.
Теперь надо было заняться дворянством, заговоры и аппетиты которого чинили препятствия инициативам коронованных супругов. Но вместо того, чтобы напрямую атаковать могущество этих грандов, Изабелла поручила управление королевством тем, кого называли «летрадос», то есть имевшим университетские дипломы. Чаще всего это были юристы, люди компетентные, ведущие жизнь без роскоши и преданные своей властительнице, которая давала им шанс для карьеры и успеха. Она также сделала обращение к «идальго», принадлежавшим к сельскому мелкопоместному дворянству и не имевшим больших состояний. Она отобрала у грандов королевства ряд несомненных привилегий: закрыла их монетные дворы, сократила пенсии и королевские дотации. Затем, чтобы совсем их нейтрализовать, она начала развивать жизнь блестящего двора, создавая почетные рабочие места, которые закабалили дворян и позволяли держать их под присмотром. (Такую политику применил Людовик XIV двумя веками позже.)
В то же время она реорганизовала учреждения страны, еще погруженные в феодальные привычки. Нужно было многое сделать: она созвала Кортесов в Толедо, чтобы пересмотреть все старые законы. Вначале было сделано необходимое преобразование финансовой системы: более пятидесяти различных валют циркулировало по королевству, что создавало препятствия торговле и экономическому росту. Такая же проблема была с мерами и весами. С новыми постановлениями все было упрощено и регламентировано. Реформа распространилась и на таможенные тарифы, и на налоги с продаж.