Следующий эпизод, который, может быть, имеет отношение к библиотеке, относится к правлению царевны Софьи, которая посылала дьяка Большой казны Василия Макарьева обследовать тарный подземный ход под Кремлем. О результатах экспедиции, дьяка знаем из донесения бывшего пономаря московской церкви Рождества Иоанна Предтечи на Пресне, которое он подал в 1724 г. в канцелярию фискальных дел.
«Есть в Москве под Кремлем-городом тайник, – писал Конон Осипов, – а в том тайнике есть две палаты, полны наставлены сундуками до стропу (до сводов). А те палаты за великою укрепою; у тех палат двери железные, поперег чепи и кольца проемные, замки вислые, превеликие, печати на проволоке свинцовые, а у тех палат по одному окошку, а в них решетки без затворов. А ныне тот тайник завален землею за неведением, как веден ров под Цехгауэный двор и тем рвом на тот тайник нашли на своды, и те своды проломаны и, проломавши, насыпали землю накрепко». На вопрос, откуда ему известно о тайнике, пономарь объяснил, что «стал сведом Больший казны от дьяка Василья Макарьева. Сказывал он, был де он по приказу благоверныя царевны Софьи Алексеевны посылан под Кремль-город в тайник и в тот тайник пошел близь Тайницких ворот, а подлинно не сказал, только сказал подлинно, куды вышел – к реке Неглинной, в круглую башню, где бывал старый точильный ряд. И дошел оный дьяк до вышеупомянутых палат, и в те окошка он смотрел, что наставлены сундуков полны: палаты; а что в сундуках, про то он не ведает; и доносил обо всем благоверной царевне Софье Алексеевне, и благоверная царевна по государеву указу в те палаты ходить не приказала. А ныне в тех палатах есть ли что, про то он не ведает».
Петр I распорядился отпустить средства на поиски этой «поклажи». Конон Осипов искал «поклажу» в 1724 г., но после смерти Петра I поиски было приказано прекратить. По новому доношению поиски возобновились в 1734 г., но тоже были прекращены, поскольку «работы было не мало, но токмо поклажи никакой не отыскал». Правда, ни до одного из четырех указанных Осиповым мест в раскопках так и не дошли.
Может быть, в сундуках находилась библиотека, может быть, как предполагает И. Е. Забелин, старый царский архив.
В конце XVIII в. была опубликована хроника Ниенштедта. Н.М. Карамзин, не сомневаясь в достоверности рассказа пастора Веттермана, включил эпизод посещения библиотеки Ивана Грозного в «Историю государства Российского».
В 1819 г. профессор Дабелов нашел в архиве г. Пярну уже упоминавшуюся опись, опубликовал в 1822 г. и вернул подлинник в архив. Публикация документа прошла незамеченной.
Но несколько лет спустя публикация Дабелова привлекла внимание его коллеги профессора правоведения Дерптского университета Вальтера Фридриха Клоссиуса, занимавшегося изучением древних греческих и латинских сочинений. Попытки отыскать в архиве бывший в руках Дабелова документ окончились неудачей, он пропал. Клоссиус все же добился разрешения