После разгрома Колчака и наступления на Туркестан Бокий был назначен начальником Особого отдела Туркестанского фронта и полномочным представителем ВЧК в Туркестане, одновременно являясь членом Турккомиссии ВЦИК и ЦК. Здесь распространились самые жуткие легенды об этом человеке, среди которых: ел сырое мясо собак, пил горячую кровь убиенных им людей. Впоследствии историки согласились, что чекист мог есть собак, но исключительно в лечебных целях, мол, излечивал застарелый туберкулез, заработанный им в царских ссылках. Но какие он сумел пройти оккультные и метафизические практики и какие освоить находящиеся за гранью познания тайны – здесь, в «феодальном» Туркестане, мы уже не узнаем. А ведь нельзя сомневаться в том, что подобное могло иметь место.
В сентябре 1920-го Глеб Иванович вернулся в Россию и несколько месяцев до конца года лечился. А с января 1921-го вновь приступил к работе в органах ВЧК, на сей раз в новой советской столице – Москве. Бокий был в составе коллегии ВЧК – ОГПУ – НКВД СССР, а уже в 1925–1926 гг. находился на должности заместителя председателя ОГПУ.
5 мая 1921 года постановлением Малого Совнаркома был создан Специальный отдел при ВЧК. Глеб Бокий руководил созданием отдела, а затем был назначен его начальником. Изначально служба была открыта как Специальный криптографический отдел – СПЕКО. Но впоследствии функции значительно расширились, настолько, что и нынешнее поколение не может представить себе масштаба деятельности этого уникального и единственного в своем роде разветвленного и сверхзасекреченного заведения.
И вот тут следует вспомнить о единоличном «подвиге» фанатика Бокия, когда в Петрограде за одного еврея-чекиста, убитого евреем-эсером, было расстреляно более 10 000 русских. Главным и тайным нюансом в этом деле было то, что многих из расстрельного списка, особенно имевших отношение к наукам, технике и искусствам, Г.И. Бокий не расстреливал, заменяя их на другие невинные жертвы. Он не был глупцом, слыл расчетливым и осторожным, он тренировал свой ум и навыки, пока в нем самом не проснулась… гениальность дьявола. Цитирую О. Грейга: «И вот тут-то он высоко оценил свою прозорливость, понимая, как был умен, что поставил на службу себе самому – единолично! – потенциал русской интеллигенции, аристократии и других элитных слоев русского общества, не расстреляв людей, упрятанных в застенки его Спецотдела, а то и в… шикарные особняки со сверхдостатком. Он – этот сумасбродный гений – сумел (кого как: посулами, страхом, пытками, долгим забвением…) убедить их, что они будут всегда полезны горячо любимой ими России, что они останутся верными патриотами Родины… Родины, которой после 1917 г. больше нет и никогда уже не будет… В руках Глеба Ивановича