С августа 1938 г. находился на учебе в Военной академии РККА им. М. В. Фрунзе. С сентября 1939 по март 1940 г. проходил стажировку в оперативном отделе штаба 12-й армии КОВО. В марте 1940 г. окончил академию и был назначен начальником 1-го отделения оперативного отдела штаба 12-й армии. В апреле 1941 г. переведен в штаб округа старшим пом. начальника 2-го отделения оперативного отдела. С началом Великой Отечественной войны капитан А. И. Айвазов с июля 1941 г. занимал должность старшего пом. начальника оперативного отдела штаба Юго-Западного фронта. Участвовал в приграничном сражении и в Киевской оборонительной операции. В боях за г. Киев 31 июля 1941 г. он был тяжело ранен и до 3 января 1942 г. находился в госпитале. После выздоровления был назначен старшим пом. начальника оперативного отдела штаба Юго-Западного направления. В апреле майор А. И. Айвазов переведен зам. начальника оперативного отдела штаба Южного фронта. В мае был направлен на формирование штаба 24-й армии, а 8 июня утвержден зам. начальника штаба начальником оперативного отдела штаба армии. В середине июля ее войска, выдвигавшиеся из второго эшелона фронта, с ходу вступили в бои с противником севернее Миллерово, затем отходили на юг к Каменску и 17 июля заняли оборону по р. Северский Донец. Позже они вынуждены были отойти на юг и переправиться на левый берег Дона восточнее Новочеркасска. С 29 июля армия была включена в состав Северо-Кавказского фронта. Затем ее управление было передислоцировано в район г. Грозный, где в августе обращено на формирование полевого управления 58-й армии, а подполковник А. И. Айвазов назначен в ней на ту же должность. Осенью ее войска выполняли задачу по оборудованию оборонительного рубежа в районе Махачкалы, в конце ноября они вели оборонительные бои на рубеже Моздок, Верхний Круп и в районе Махачкалы. В начале января 1943 г. подполковник А. И. Айвазов был зачислен в распоряжение Военного совета Закавказского фронта, а с 13 января 1943 г. допущен к исполнению должности начальника штаба 10-го стрелкового корпуса в составе 58-й армии Северной группы войск Закавказского фронта (с 24 января – в составе Северо-Кавказского фронта). С 26 января по 4 февраля 1943 г. он временно командовал этим корпусом. В период с 27 февраля по 2 марта при выполнении боевого приказа командующего 58-й армии о сосредоточении частей А. И. Айвазов, являясь ответственным за организацию марша, не обеспечил должной его организации. Приговором Военного трибунала Северо-Кавказского фронта от 17 марта 1943 г. он был приговорен к 7 годам лишения свободы в ИТЛ с отсрочкой исполнения приговора до окончания военных действий. 30 апреля он назначается начальником штаба 276-й стрелковой дивизии и воевал с ней в составе 58-й, а с октября – 56-й армий СевероКавказского фронта, с января 1944 г. в 1-й гвардейской армии 1-го Украинского фронта. В период с 16 по 29 апреля 1943 г. временно командовал этой дивизией, умело руководил ее боевыми действиями. С 19 по 24 апреля, находясь в районе нас. пункта Свистельников (восточнее г. Темрюк), не считаясь с опасностью, под артиллерийским обстрелом противника умело управлял частями, что позволило избежать излишних потерь. 13 июня 1943 г. Военный трибунал фронта вынес определение признать
