Приняв второе предложение собора, старец показал, что он не в силах был, по болезни, ходить, как прежде, по воскресным и праздничным дням в обитель. Это было весною 8 мая 1810 года. Вступив в монастырские врата, после 15-тилетнего пребывания в пустыни, о. Серафим, не заходя в свою келлию, отправился прямо в больницу. Это было днем, до наступления всенощной службы. Когда ударили в колокол, о. Серафим явился на всенощное бдение в храм Успения Богородицы.
Братия удивилась, когда мгновенно разнесся слух, что старец решился жительствовать в обители. Но удивление их возросло еще более, когда произошли следующие обстоятельства: на другой день, 9 мая, в день святителя и Чудотворца Николая, о. Серафим пришел, по обычаю, в больничную церковь к ранней литургии и причастился Святых Христовых Таин. По выходе же из церкви, он направил стопы свои в келлию строителя Нифонта и, принявши от него благословение, водворился в прежней своей монастырской келлии; к себе никого не принимал, сам никуда не выходил и не говорил ни с кем ни слова, то есть он принял на себя новый труднейший подвиг затворничества.
О подвигах о. Серафима в затворе известно еще менее, чем о его пустынножительстве. В келлии своей он не хотел иметь, для отсечения своеволия, ничего, даже самых необходимых вещей. Икона, пред которой горела лампада, и отрубок пня, служивший взамен стула, составляли все. Для себя же он не употреблял даже огня.
В течение всех лет затвора старец во все воскресные и праздничные дни причащался Святого Тела и Крови Христовой. Для сохранения во всей чистоте затвора и молчальничества, Пренебесные Тайны, по благословению строителя Нифонта, приносили ему из больничной церкви в келлию после ранней литургии.
Чтобы никогда не забывать о часе смертном, чтобы яснее представить и ближе видеть его пред собою, о. Серафим изготовил себе гроб из цельного дуба и поставил его в сенях затворнической келлии. Здесь старец часто молился, готовясь к исходу от настоящей жизни. Отец Серафим в беседах с саровскими братиями