Первыми руководителями военной разведки и контрразведки империи были: с 29 сентября 1810 г. – флигель-адъютант полковник А.В. Воейков, с 19 марта 1812 г. – полковник А.А. Закревский, с 10 января 1813 г. – полковник П.А. Чуйкевич.
В 1832 г. – очередная реорганизация: теперь уже Генеральный штаб вошел в состав Военного министерства на правах департамента. Департамент организационно включал в себя три отделения. Второе отделение (военно-учетное) выполняло разведывательные функции, которые по-прежнему заключались в обработке информации, поступающей из Министерства иностранных дел.
10 июля 1856 г. Александр II утвердил первую инструкцию о работе военных агентов. Объектами пристального внимания агентурной разведки определены:
– организация, дислокация, боевой и численный состав сухопутных и морских сил;
– мобилизационные возможности государств, пути их реализации, планы всестороннего обеспечения войск и флота;
– передислокация войск и ее цели;
– состояние крепостных сооружений, ведущиеся фортификационные работы на побережье и в других местах;
– лагерные сборы и маневры войск;
– моральное состояние войск, настроения в среде офицерства и генералитета;
– уровень и состояние всех ветвей системы военного управления: артиллерийского, инженерного, комплектования (комиссариатского) и тылового;
– реорганизация войск, новые виды вооружений, формы одежды, изменения в уставах и наставлениях;
– развитие военной мысли, военной науки;
– карты-планы местности;
– система подготовки военных кадров, состояние военно-учебных заведений, методы преподавания военных наук, морально-психологическое состояние в курсантской среде;
– организация Генерального штаба или структуры ему аналогичной, качественный уровень его офицерского состава (списочный состав, уровень подготовки и способностей каждого офицера, перспективы служебного роста);
– передвижение войск железнодорожным транспортом: способы, численность, временные нормативы;
– военное управление, деловодство, временные показатели передачи приказаний, пути их сокращения.
Агентам предписывалось скрывать свою связь с разведкой, строго соблюдать меры бдительности и конспирации.
О принадлежности того или иного сотрудника дипломатической миссии к военной разведке знали лишь ее руководитель и заместитель руководителя. Офицер в полном объеме выполнял обязанности, предписанные ему штатным расписанием дипломатического органа и параллельно скрыто выполнял поставленные ему задачи, от степени исполнения которых зависели перспективы его дальнейшего служебного роста в армии. Агенту запрещалось без ведома начальника миссии предпринимать