Двадцатидвухлетний российский царь Алексей Михайлович, прозванный в народе Тишайшим за свой простодушный характер, медлил. Он хотел знать больше, кто такой этот Богдан. По одним сведениям, он был православным, русского роду-племени шляхтич, служивший в польской пограничной страже, по другим – будто отец гетмана Украины Берко – мясник из Хмельника, что в Подолии, он сам был пленником крымских татар, тайно обративших его в «бусурманскую веру» и заславших на Украину, что он не против того, чтобы принять покровительство оттоманского султана. Не имея уверенности в поддержке стремления Хмельницкого воссоединиться с Россией со стороны казацкой Рады, царь боялся подвоха, ошибки.
Для устранения «незнания великого» московский правитель послал на Украину лицо особо доверенное, друга детства Артамона Матвеева. Миссия последнего выходила далеко за рамки дипломатической практики того времени. К концу 1653 г. Россия уже не возражала официально против появления у нее новых, гораздо буйнее донских казаков, подданных. Уже через день после решения Рады от 8–9 января 1654 г. (18 января по новому стилю) Артамон Матвеев, принимавший участие в ее заседании, отправился с докладом к царю. Объективная информация, собранная его посольством, стала основой для принятия окончательного решения самодержцем. В «Очерках истории российской разведки» сказано, что Матвеев вывел Богдана на чистую воду: отцом гетмана Украины действительно был еврей-мясник, а сам Хмельницкий начинал самостоятельную жизнь с того, что содержал кабак, хотя выдавал себя за дворянина. Самодержец благосклонно воспринял информацию, в марте того же года созвал Земский собор, который решил, что ради «православной веры и святой церкви Божьей государю следует принять их под свою высокую руку». Гетманы были признаны царским правительством главной властью на Украине, а Хмельницкий, в свою очередь, пошел на признание протектората московского царя над Гетманщиной – автономным казацким государственным образованием, именуемым в России Малороссией, просуществовавшим де-факто с постоянно меняющимися границами с 1649 по 1764 г. После Переяслава Хмельницкий получил титул, который использовал при подписи всех документов: «Гетман Его Царского Величества Войска Запорожского».
Многие историки считают, что факт добровольного перехода большей части заселенных этническими украинцами территорий под юрисдикцию Москвы кардинально изменил в целом и характер национально-освободительного движения украинского народа. С этого момента у Малороссии исчезли предпосылки для борьбы за полную независимость.
Потеря Польшей значительной территории и переход ее под юрисдикцию России поляки считали для себя пощечиной.