Занятия Козлова философией носили вполне систематический характер, так что он вошел в круг философских интересов того времени и следил за философской литературой. После изучения философии Шопенгауэра Алексей Александрович перешел к изучению трудов Эдуарда Гартмана. Результатом такой работы стала книга «Философия бессознательного Эд. Гартмана»[29], имевшая большой успех. В процессе создания этой книги Козлов вошел в переписку с Гартманом, который в числе прочего знакомил Алексея Александровича с новейшей философской литературой Германии, а последний, в свою очередь, немецкого философа с наиболее значимыми философскими работами в России.
Поворотными для Козлова стали 1875–1876 гг., когда он сначала, продав имение, уехал вместе с семьей в Париж, а затем через короткий срок вернулся в Россию и стал приват-доцентом Киевского университета. В Киев Козлова пригласил его университетский товарищ профессор А. А. Котляревский[30]. На тот момент Козловым были изданы еще две статьи («По поводу диссертации Соловьева» и «Об исторических письмах Миртова[31]»), а также первая часть самостоятельного философского исследования – «Философские этюды». В 1880 г. он защитил магистерскую диссертацию «Метод и направление философии Платона» и был назначен доцентом. В 1884 г. Козлов написал докторскую диссертацию «Генезис теории пространства и времени у Канта» и защитил ее в Петербургском университете. В том же году Алексей Александрович становится экстраординарным, а через два года (1886) ординарным профессором Киевского университета.
Среди филосовских произведений, написанных в период работы в Киевском университете (1876–1887), стоит отметить «Философию действительности», в которой излагалась система Евгения Дюринга, и статьи под общим названием «Современные направления в философии», выходившие в издававшемся