Проводить налоговые проверки в порядке, установленном НК РФ. С принятием Налогового кодекса впервые определены правила проведения налоговых проверок, тогда как ранее регламентировались только сроки и периодичность проверок для всех организаций – не реже одного раза в два года – а вопросы процедуры налоговых проверок определялись налоговыми органами в своих внутренних инструкциях. В результате такого подхода в Налоговом кодексе налоговый контроль был организован не по принципу его тотальности и всеобщности, а на основе выборки субъектов налогового контроля в зависимости от тех или иных критерий, определяемых налоговыми органами.
Производить выемку документов при проведении налоговых проверок у налогоплательщика или налогового агента, свидетельствующих о совершении налоговых правонарушений, в случаях, когда есть достаточные основания полагать, что эти документы будут уничтожены, сокрыты, изменены или заменены.
Вызывать на основании письменного уведомления в налоговые органы налогоплательщиков, плательщиков сборов или налоговых агентов для дачи пояснений в связи с уплатой (удержанием и перечислением) ими налогов либо в связи с налоговой проверкой, а также в иных случаях, связанных с исполнением ими законодательства о налогах и сборах.
Приостанавливать операции по счетам налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов в банках и налагать арест на имущество налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов в порядке, предусмотренном Налоговым кодексом.
Осматривать (обследовать) любые используемые налогоплательщиком для извлечения дохода либо связанные с содержанием объектов налогообложения независимо от места их нахождения производственные, складские, торговые и иные помещения и территории, проводить инвентаризацию принадлежащего налогоплательщику имущества. Порядок проведения инвентаризации имущества налогоплательщика при налоговой проверке утверждается Министерством финансов Российской Федерации и Министерством Российской Федерации по налогам и сборам.
Определять суммы налогов, подлежащие внесению налогоплательщиками в бюджет (внебюджетные фонды), расчетным путем на основании имеющейся у них информации о налогоплательщике, а также данных об иных аналогичных налогоплательщиках