В ночь на 26 января 1904 г. японская эскадра вопреки российским прогнозам напала на Порт-Артур, положив начало первой в ХХ в. войне. Героизм и самоотверженность русских солдат и матросов в этой войне были так же очевидны, как и предсказанная Витте неподготовленность России к войне: катастрофически не хватало оружия и боеприпасов, отсутствовала развитая система коммуникаций на Дальнем Востоке. Несмотря на героическое сопротивление русской армии, продолжавшееся пять месяцев, в декабре 1904 г. пала главная военная база русских на Дальнем Востоке – Порт-Артур. До этого русские войска потерпели поражение под Ляояном (август 1904 г.), на реке Шахэ (сентябрь 1904 г.), а в феврале 1905 г. – под Мукденом.
Неудачно действовали русские и на море. Сначала погиб крейсер «Варяг», пытавшийся прорваться из корейского порта Чемульпо в Порт-Артуре, а 31 марта 1904 г. при выводе русской эскадры на внешний рейд Порт-Артура затонул флагман «Петропавловск». Вместе с командой погибли Командующий Тихоокеанским флотом адмирал С. О. Макаров и знаменитый художник-баталист В. В. Верещагин. В мае 1905 г. в Цусимском проливе потерпела сокрушительное поражение русская эскадра адмирала З. П. Рождественского, послания с Балтики на помощь нашим морякам.
К концу лета 1905 г. провал России в «маленькой победоносной войне» стал очевиден, но так как и силы самой Японии были значительно подорваны, то в августе был заключен мирный договор в Портсмуте (США). Согласно этому договору Россия уступала Японии Южный Сахалин, аренду Ляодунского полуострова с Порт-Артуром и признавала японские притязания в Корее.
Русско-японская война подобно катализатору выявила абсолютную беспомощность власти в двух важнейших сферах – военной и внешнеполитической; ее результаты требовали серьезных перемен во внешней политике и военных программах России.
После заключения Портсмутского мирного договора интересы российской внешней политики снова переместились в Европу. С начала 1906 г. перемены, произошедшие в европейской дипломатии, в первую очередь коснулись русско-английских отношений. Еще в 1904 г. Англия заключила «сердечный союз» с Францией, союзницей России. Традиционная британская политика «блестящей изоляции» была прервана в связи с продолжающимся усилением Германии, которая взяла курс на создание мощного военно-морского флота. Для Англии не оставалось ничего другого, как начать поиски путей сближения с Россией. Две давние державы-соперницы вынуждены были встретиться за столом переговоров, в результате которых в августе 1907 г. в Петербурге было подписано соглашение о разграничении интересов Англии и России в Персии, Афганистане и Тибете. Этот акт окончательно расколол Европу