Аристагор же отправился за подмогой в европейскую Грецию. Сначала он прибыл в Спарту, но там ему отказали. Тогда он проследовал в Афины. Здесь ему удалось убедить народное собрание оказать помощь восставшей Ионии. Но афиняне решили послать всего 20 триер, что не могло оказать существенного влияния на баланс сил. Да еще эретрийцы с острова Эвбея прислали 5 триер.
Как только прибыли эти подкрепления, ионяне начали наступление на Сарды. Артафрен с гарнизоном оборонял акрополь, а сам город греки подожгли.
В этом пожаре сгорел и храм богини Кибелы, почитаемой в Лидии. Это возмутило лидийцев, и они, вместе с персами выбили ионян из города.
После нападения на Сарды, войска персидских сатрапий Малой Азии направились в Лидию. Ионийцы отступили. А летом 498 г. до н. э. произошла решающая битва у города Эфес, в которой греки были разгромлены. После этого афиняне и эретрийцы отозвали свои контингенты. Но у повстанцев уже не было пути назад и они продолжали сопротивление.
Логограф Гекатей, ранее предостерегавший милетцев от восстания, теперь предложил построить большой флот и добиваться победы на море. Потому что на суше ионийцы не смогут победить. Но на постройку кораблей не было денег. Тогда Гекатей предложил изъять на эти нужды сокровища храма Аполлона в Бранхидах. И предупредил, что альтернативой будет разграбление сокровищниц персами. Но и этот благой совет милетцы отвергли, опасаясь вызвать гнев Аполлона.
Тем временем восстание ширилось. К нему присоединилась большая часть Карии и Ликии. Ионийцы захватили Византий и другие города в зоне проливов, ведущих в Эвксинский понт (Черное море). Восстали и греческие города на острове Кипр.
Киприоты осадили оставшийся верным Персии город Амафунт. В это время к острову подошел флот ионян и флот финикиян, высадивший персидскую армию во главе с полководцем Артибием. Предводитель восставших киприотов Онесил решил дать генеральное сражение. Ионийцы победили в морском бою финикийский флот, но сухопутную битву греки проиграли. В этой битве погибли Артибий и Онесил. Затем персы в 497–496 гг. до н. э. осадили и взяли все мятежные города на Кипре.
В конце 496 г. до н. э. у реки Марсия произошло сражение между персидской армией и восставшими карийцами. По словам Геродота – «Персов пало 2 000, а карийцев 10 000» (V.119). После к бежавшим карийцам подошли на помощь ионийцы. Они дали персам еще один бой, но опять потерпели поражение. Зато когда персы направились к побережью, карийцы напали ночью из засады и перебили многих персидских военачальников.
Сатрап Лидии Артафрен и полководец Отана начали по очереди захватывать восставшие города. После падения Клазомен руководитель восстания Аристагор предложил бежать во Фракию. И опять Гекатей предложил укрепить остров Лерос и сидеть там. И снова его