Вступив в Вавилонию, Куруш Младший построил войска для битвы, но Артахшасса II стал отступать, не давая сражения. Возможно, ожидая подкреплений. Мятежное войско спокойно перешло Евфрат, и Куруш решил, что царь просто бежит. Поэтому бунтовщики стали вести себя легкомысленно, оружие везли на повозках и вьючных животных.
Вдруг около полудня 3 сентября 401 г. до н. э. появился скачущий на коне во весь опор знатный перс Патесий. Он кричал на персидском и греческом языках, что приближается войско царя. Началось замешательство. Куруш сошел с колесницы, надел панцирь, сел на коня и приказал вооружиться и выстроить боевой порядок.
Хотя Ксенофонт и пишет, что войско царя насчитывало 1 200 000 человек, а войско Куруша 120 000, но, скорее всего, обе армии были по 30–40 тысяч человек. Греки находились на флангах строя. Правым флангом командовал Клеарх. Приближенный Куруша Арией возглавил левый фланг. Сам Куруш Младший находился в центре, во главе 600 всадников, одетых в панцири и шлемы. Но сам Куруш шлема не надел, демонстрируя бесстрашие.
После полудня появилось наступающее войско царя. Левым флангом у него командовал Тиссаферн. Куруш Младший приказал Клеарху атаковать с греческими наемниками центр вражеского строя, где находится Артахшасса II. Но Клеарх, опасаясь окружения, не выполнил этот приказ, а только просил Куруша не рисковать своей жизнью.
Битва произошла у деревни Кунакс в 90 км от Вавилона. Греческие наемники бросились в атаку, и фланг царского войска, которым командовал Тиссаферн, дрогнул и побежал. Артахшасса II стал разворачивать свой строй полукругом. Опасаясь, что эллинов обойдут с тыла, Куруш Младший атаковал центр вражеской позиции с 600 всадниками, и рассеял отряд конницы, защищавший царя.
Но во время преследования воины Куруша рассеялись, и рядом с ним осталась лишь группа приближенных. Только что Куруш Младший убил начальника царской конницы Артагерса, и тут он увидел Артахшассу II с многочисленной свитой. Куруш воскликнул: «Я вижу его!» – и бросился на Артахшассу II, ранив его в грудь сквозь панцирь. А когда он поражал царя, кто-то бросил копье и попал Курушу пониже глаза. В короткой схватке здесь погиб Куруш Младший и 8 его ближайших соратников. Курушу отрубили голову и правую руку, и Артахшасса II, держа за волосы голову брата, показывал ее, чтобы все знали о смерти Куруша Младшего.
Битва у деревни Кунакс
После гибели Куруша персидское войско под командой Ариея бежало, а греки продолжали наступать. На следующий день, узнав о смерти царевича, греческие командиры предложили Ариею самому стать царем Персии, но он отказался. Затем явились посланцы от царя и Тиссаферна. Они предложили грекам сдаться, что те отвергли.
Тогда, через несколько дней, им предложили уже союз. Было заключено соглашение, что греки отходят в Ионию, по пути не грабят,