Однако уже при первой организации народных масс в вооруженные силы оказалось в наличности немалое число охотников – «гультяев», не вошедших в реестр, но чувствовавших влечение к военной службе. Чтоб использовать и их на дело государственной обороны, были образованы полки охочекомонных (конных охотников) казаков. Эти полки поступили под начальство особым, назначаемым Гетманом, полковникам, по именам которых и назывались. Число охочекомонных полков менялось в зависимости от войны и мира, опускаясь до пяти и поднимаясь до двадцати, а иногда и более полков.
Такова была первоначальная организация малорусского казачества, с течением времени претерпевшая длинный ряд изменений.
Прибегнув в минуту нужды к такой чрезвычайной мере, как учреждение постоянной народной милиции, польско-литовское правительство, по мере того, как опасность турецкого и татарского нашествия становилась все менее грозной и вероятной, начинает подозрительно относиться к казачеству, страшась той силы, которой само же создало стройную организацию. В 1569 году Литва и Польша окончательно соединяются в одно государство, и при учреждении новых порядков казачьи полки поступают под начальство особого «казачьего старшого», непосредственно подчиненного коронному Гетману. Спустя нисколько лет (1576), польский король Стефан Баторий принимает уже более решительные меры по отношению к казачеству: он уменьшает реестр до 6000 человек. Эта мера приводила к тому, что более 30 000 реестровых казаков лишились казачьих прав и привелегий, обращаясь в «поспольство» и рискуя попасть затем в холопы к польским помещикам.
Впрочем, меры эти приводят совсем не к тем последствиям, которых ожидал Баторий. Недовольство в Украине достигает высшей степени напряжения. Лишенные прав реестровые толпами бегут на «Низ», в Запорожье и тем только способствуют ускорению начавшегося уже создания запорожской независимости. Баторий принимает (1579 г. и след.) бесплодные попытки обуздать своеволие запорожцев, но это приводит только к тому, что в 1589 году в Запорожском «Коше» насчитывается уже около 20 000 казаков. Они сами избирают себе кошевого атамана, вопреки всем запретам короля польского. Успехи казацких набегов к тому времени создают уже такую славу запорожскому оружию, что в 1594 году император австрийский Рудольф II завязывает с ними непосредственные дипломатические сношения: императорский посол Эрик Лассота является в Сичь с предложением союза для действий против Турции.
Таким образом, к концу XVI века Запорожье совершенно освободилось от подчинения польскому правительству. Но зато, если когти и зубы Днепровского казачества вышли из-под власти Польши, все же тело его и хвост оставались по-прежнему в польских руках. И вот, в отместку за освобожденье Запорожья,