Вдохновляющим активность духовенства фактором стало требование владыки об участии клира в миссионерских организациях: Обществе св. Гурия в Казани, Православном палестинском обществе, Восточно-русском культурно-просветительном обществе в Уфе, задачами которых было распространение православия среди мусульман и язычников и укрепление благочестия в православных общинах. Миссионерская деятельность, которой владыка посвятил себя с самого начала пастырского служения, вообще занимала значительное место в его жизни. Как личность он пользовался уважением и авторитетом среди иноверцев и своими проповедями достигал большого успеха в деле распространения православия в их среде. За сравнительно короткие сроки его усилиями были созданы Трехсвятительский крещено-татарский мужской скит и Покровская крещено-татарская женская община[88], открыты многочисленные приходы. Свое обращение к православию неофиты связывали с личностью еп. Андрея – для них он был воплощением христианского подвижничества. «Он один из архиереев отстаивал национальные интересы загнанных народностей – чуваш, черемис, вотяков и т.д. Он был и есть любимец низшего, бедного, загнанного люда. Казань и Уфа, где он служил, в самых бедных слоях населения помнят его добрую, ласковую, отзывчивую душу; беженцы Западного края одеты были только им», – напоминал новым властям в 1924 году знавший владыку по Казани протоиерей Транквиллин Земляницкий[89].
Владыка уделял особое внимание новокрещеным приходам, до мелочей разрабатывал рекомендации их наставникам, способствовал широкой публикации богослужебной литературы на языках народов Урала и Поволжья. Особенно настойчиво он требовал, чтобы храмовая служба велась на языке большинства прихожан или, по меньшей мере, «на двух языках попеременно»[90]. Примечательно, что соответствующее распоряжение было одним из первых актов владыки по вступлении его на уфимскую кафедру. Позднее, на заседании шестого отдела Предсоборного совета «по вопросу о допущении малорусского, русского и других народных языков в богослужение», состоявшемся 10 июля 1917 года, «Андрей, еп. Уфимский, указал на большую религиозность татар, которая объясняется имеющимся у них татарским текстом некоторых церковных книг, добавив, что понятность богослужения способствует возвращению сектантов. Он, преосвящ. Андрей, при чтении канона допускает перестановку слов и пояснения»