Феофан организовал «Ученую дружину», где обсуждались вопросы культуры, экономики, общественной жизни; обосновывал установление в России просвещенного самодержавия при укреплении крепостного права и подавлении политических противников («Слово о власти и чести царской», «Правда воли монаршей»). Он отвергал предрассудки (даже относящиеся к мощам святых), говоря, что отсутствие «света учения» содействует «многим смеха достойным суевериям». Люди, веря в чудеса, доверяют сказкам плутов и лжецов, не умея отличить правду от выдумки.
Законы природы и познания он считал непреложными: никакое чудо не может свершиться вопреки им. Признавал идею множественности обитаемых миров, а оппонентам-богословам ответил: кто отрицает такую возможность, тот сомневается во всемогуществе Божием. По его словам: «В природе существует и живет Бог» (не пантеизм ли это?).
Противоречили легенде о Всемирном потопе взгляды Феофана на геологические процессы, отвечавшие передовым научным достижениям той эпохи: «С течением времени возникло множество новых гор, многие из них превратились в равнину. Это происходит обычно определенным способом, действием силы вод, которые вымывают внутренние соли и подымают горы, а другие сносят, нажимая на них, а также действием силы ветров, движений земли и иных». И тут Прокопович выступил как прямой предшественник Ломоносова.
Резко критиковали демократы «Духовный регламент», составленный Феофаном. По словам протоиерея Георгия Флоровского, этот «регламент» лишил Церковь независимости, «ибо государство чувствует и считает себя абсолютным. Именно в этом и состоит замысел того “полицейского государства”, которое заводит и утверждает в России Петр».
Церкви определялась роль департамента по делам религии, подчиненного верховной власти. Ослабление влияния Церкви на жизнь общества вряд ли создавало «полицейское государство». И почему речь идет только о России? Будто в других странах власть не основывалась (да и ныне так) на подавлении внутренних врагов.
Нередко Церковь усугубляла репрессии, как это ярко – в свете костров инквизиции! – видно на примере Западной Европы. При всех жестокостях, а то и самодурстве некоторых установлений Петра I быстрый подъем русской науки, философии, культуры в целом доказал верность избранного Феофаном пути. Без этого не было бы на Руси такого великого явления, как творчество Ломоносова, да и общий ход развития науки был бы чрезвычайно замедлен.
Завершилось средневековое господство религиозной мысли. В обществе все более важную роль стали играть наука, техника, образование. Хотя философия оставалась в загоне: государство не было заинтересовано в «вольнодумстве», которое, как представлялось власть имущим, содействует бунтовщикам.
Взгляды Феофана Прокоповича