К тому времени сэр Алекс Фергюсон возглавлял «Манчестер» уже 13 лет. Выиграв все, что только можно было выиграть вместе с футбольным клубом, он стал всерьез подумывать о том, чтобы немного отдохнуть, а потом начать работу с какой-нибудь другой командой. Руководство «Манчестера» и акционеры клуба с немалым трудом уговорили его остаться. Оставшись, Фергюсон сделал «Манчестер» чемпионом Англии в сезонах 1999–2000, 2000–2001 и 2002–2003 годов. Правда, с европейскими кубками клубу везло меньше: весной 2003 года «Манчестер» показал изумительный по красоте футбол, но уступил в четвертьфинале Лиги чемпионов мадридскому «Реалу» по сумме двух матчей.
Тем не менее Алекс Фергюсон доказал, что он – самый успешный тренер за всю историю английского футбола. Причем успехи его выражаются не только количеством побед и завоеванных призов. За годы работы Фергюсон превратил «Манчестер Юнайтед» даже не в великий клуб, а в мощную футбольную корпорацию с множеством структур и подразделений, занятых самыми разными вопросами – и финансами, и рекламой, и производством клубной атрибутики, и издательской деятельностью, и, само собой разумеется, селекционной работой и подготовкой талантливой футбольной молодежи.
В первом десятилетии XXI века «Манчестер Юнайтед» по-прежнему на первых ролях в английском и мировом футболе. После успешного 2003 года клуб, правда, на некоторое время ушел в тень «Челси», но весной 2007, 2008, 2009 годов снова трижды подряд становился чемпионом Англии. Теперь в команде ярко сверкала звезда еще одного великого футболиста – португальца Криштиану Роналду. 21 мая 2008 года в финале Лиги чемпионов, состоявшемся в Москве, команда Фергюсона победила в серии пенальти все тот же «Челси». В том же году «Манчестер Юнайтед» выиграл Суперкубок Англии и клубный чемпионат мира, прошедший в Японии. В нем приняли участие 7 клубов, представляющих все части света, и команда Алекса Фергюсона в финальном матче победила эквадорский клуб «ЛДУ Кито».
В 2009 году «Манчестер Юнайтед» второй раз подряд вышел в финал Лиги чемпионов, но на этот раз проиграл неудержимой тогда «Барселоне», которая за один сезон завоевала все возможные футбольные трофеи. В сезоне 2009–2010 годов «Манчестер Юнайтед» остался в чемпионате Англии вторым, уступив опять-таки «Челси». Но со счетом 3:1 выиграл у «Челси» Суперкубок Англии – здесь «Манчестер» встречался с лондонским клубом на правах второго призера чемпионата, поскольку «Челси» в этом сезоне выиграл также