Царь Федор не оставил прямого наследника на престол. После его смерти русский народ присягнул его жене, царице Ирине, сестре Бориса Годунова. Царствовавшая 736 лет династия прекращалась. Но в скором времени народу стало известно, что царица Ирина отрекается от престола и уходит в монастырь. Борис Годунов тоже ушел в монастырь и все время плакал о наступающем «безначалии». Решено было присягнуть боярам, и среди собравшихся кто-то крикнул: «Да здравствует Борис!», брат царицы. Борис, однако, категорически отказывался от царского венца. Для решения вопроса о престолонаследии был созван Земский собор. Во время работы Земского собора были пущены слухи об угрозе нападения крымского хана.
И действительно, из степей от казаков было получено донесение, что крымский хан готовится к набегу на московские владения. Земским собором был избран на царство Борис Годунов, после чего он торжественно въехал в Москву.
Тревожное положение на границах со стороны Крыма заставило отложить коронацию, Борис собрал вооруженные силы и двинулся на границу. Во главе войск выступил сам Борис. Годунов выехал в окружении всей знати, и все было использовано для внешнего эффекта. По сведениям современников, приказы Годунова производили исключительное впечатление в народных массах, и не было ни ослушных, ни ленивых, и все спешили к назначенному сборному месту. Московские войска в количестве 500 000 были расположены: главный стан в Серпухове, полк правой руки – в Алексинском; левой – в Кашире; передовой – в Калуге и сторожевой – в Коломне. В окружении Годунова было пять царевичей: киргизский, сибирский, шамахинский, хивинский и сын Кабулина. Между князей и бояр были Мстиславские, Шуйские, Годуновы, Романовы и др.
Принятые меры имели положительные последствия: татары не только не появились у границ, но унизительно просили мира.
1 сентября 1598 года Борис Годунов венчался на царство. Чтобы укрепить свое положение, Годунов решил избавиться от опасных конкурентов и начал преследование боярской и княжеской знати. Первым был в 1598 году сослан в далекое Поволжье боярин Богдан Бельский. В 1600 и 1601 году были преданы суду все бояре Романовы, обвинявшиеся по доносу в покушениях и злоумышлениях на государя. Пять братьев Романовых были сосланы на север, а старший Федор с женой были пострижены в монашество – он под именем Филарета, а она – Марфы и отправлены в глухие северные монастыри. Более знатных князей – Шуйских, Рюриковичей, Гедиминовичей – отправили из Москвы на окраинные воеводства.
Во внутренней жизни страны Годунов ввёл строгий порядок управления и население окраин страны старался привести в полное повиновение. В отношении Дона была установлена полная блокада и с Войском прервано всякое общение. Однако его географическое положение имело значение в сношениях с Крымом и Турцией, и Годунов вынужден был обращаться к казакам за услугой по сопровождению послов.
Для укрепления положения в Сибири в 1598 году содержались войска